El rei ordenó mas tarde repetidas veces que Chiloé volviese a depender de la autoridad de Chile, pero esta providencia no se llevó a efecto, de modo que la separacion quedó subsistente hasta la guerra de la Independencia (Barros Arana). En cuanto a la jurisdiccion eclesiástica del Obispado de Concepcion en Chiloé, no sufrió cambio alguno por su adjudicacion al Vireinato.
Junto con estas medidas importantes Amat tuvo que atender a otra necesidad urjente que se hacia sentir desde el estrañamiento de los jesuitas del Archipiélago. Habia que llenar el vacio que su remocion habia dejado en las misiones. Entendemos que el rei destinó a la órden de los franciscanos como sucesores de los jesuitas en todas las misiones que habian sido desocupadas por su repentina relegacion.
Esta venerable i antigua órden habia cultivado sin alteracion desde su fundacion la fé cristiana en su forma mas sublime i acendrada, tal como reinaba en la fervorosa cristianidad de la Edad Media. Se dedicaba a una vida contemplativa i estrictamente reservada. Ademas atendia con preferencia a las obras de caridad i observaba con rigor el precepto de la pobreza. Formaban pues, cierto contraste con sus émulos los jesuitas, cuyas tendencias absorbentes los habian hecho temibles al gobierno de España.
Habia otras razones mas que recomendaban a los franciscanos a los ojos del rei para este cargo: Ellos se hallaban en sus dominios en suficiente número para atender a todas las misiones, eran misioneros abnegados a toda prueba i sus obras emprendidas en la conversion de los indios podian revalizar con las de los jesuitas. Finalmente escojian a los miembros de su órden, destinados a servir en América, entre los nacionales de la Metrópoli; el rei mismo se encargaba de remitidos periódicamente desde España un número suficiente de relijiosos. De esta manera el gobierno de España se hallaba libre del temor de que sus Colonias fuesen infestadas por misioneros estranjeros como habia sucedido con los Jesuitas.
Hecha la eleccion se dispuso que el Colejio franciscano de San Ildefonso de Chillan se hiciera cargo de las misiones de Chiloé.
Este colejio, destinado especialmente para propagar las misiones entre los indios de Chile, habia sido fundado en 1756 por el padre Fr. José Seguin venido con este objeto del Colejio de Santa Rosa de Ocopa en el Perú. En esta ocasion tuvo lugar el incidente que los franciscanos de Chile, requeridos por la autoridad superior, para ceder a los emisarios de Ocopa uno de sus establecimientos, i poco gustosos de acceder a esta exijencia, ofrecieran para este fin el mas apartado i el mas modesto de sus establecimientos, el Colejio de los Anjeles de Chiloé, que no corresponderia sin duda al objeto. Vemos que faltó poco para que el venerable Colejio de Ocopa que se nombra aquí por vez primera, hubiese establecido ya en aquella época una sucursal en Chiloé, como vino a efectuarlo
