Resultó proclamado candidato presidencial el Dr. Salvador Allende; y el Partido Radical Doctrinario participó en su campaña, designando representantes para el Consejo Nacional de la Candidatura; pero sin ingresar al PRAP.
A fin de evitar que la candidatura Allende pudiera ser tildada por exclusivamente marxista y para ampliar su base electoral, el FRAP acordó posteriormente invitar al Partido Radical Doctrinario para que ingresara a él. El presidente de esta combinación don Alejandro Serani, formalizó la invitación ante el Presidente Radical Doctrinario señor Olavarría; y luego éste partido la discutió ampliamente. Por estrecho margen de votos fue aprobado el ingreso y en esta forma el Partido Radical Doctrinario paso a formar parte del FRAP. Esta situación acarreó la renuncia del presidente don Arturo Olavarría Bravo, que no estaba de acuerdo con ella. Fue elegido en su reemplazo don Rudecindo Ortega.
A principios de 1958, se produjeron dentro del Partido incidencias internas de cierta consideración. Fue presentado en la Asamblea de Santiago un voto para que el partido se retirara del FRAP. Puesto en votación fue rechazado por estrechísima mayoría; pero los partidarios del retiro, que creían contar con mayoría, se rebelaron en contra de este acuerdo y desconociendo a la Directiva Nacional constituyeron una nueva directiva encabezada por don Arturo Olavarría Bravo, a la cual adhirió un grueso sector de militantes. El Partido Radical Doctrinario quedaba, pues, dividido.
La fracción disidente que encabezaba el señor Olavarría y que parecía ser la más numerosa, adhirió a la candidatura de don Jorge Alessandri Rodríguez, a quien proclamó en acto público con numerosa asistencia.
Posteriormente integró la combinación denominada "Alianza de Partidos y Fuerzas Populares" que agrupaba a los pequeños sectores que habían apoyado la candidatura Alessandri. Ni al Partido Radical Doctrinario ni a los otros grupos pequeños les cupo participación importante en el gobierno Alessandri, por cuyo motivo la alianza se disolvió. Más adelante, este sector Radical Doctrinario, ya muy reducido, pasó a integrar el nuevo Partido Democrático Nacional (PADENA), juntamente con otras colectividades (1960).
Mientras tanto, el otro sector Radical Doctrinario, el que siguió a la Directiva oficial, continuó integrando el FRAP y apoyó la candidatura de don Salvador Allende. Esta fracción continuó manteniendo la de
