Reina Católica, pues desde que entró en Madrid no cesó de estar afligida, hoy por una, mañana por otra desgracia. La primera, y no la menos aguda por cierto, fué la marcha del Archiduque de Austria para sus Estados hereditarios, sin consideración á la estación, á las lágrimas de su enamorada esposa que le suplicaba pasase al menos á su lado las inmediatas fiestas de Pascua, á las razones de Estado que le expuso la Reina para que prolongando su estancia en España, pudiera conocer los pueblos que habia de gobernar más tarde, ni aun pudieron conseguir los Reyes de aquel ánimo que parecía tan débil, y entonces era tan rebelde, que dejase de atravesar la Francia, entonces en guerra con ellos. Partió Felipe el 22 de Diciembre de 1402, quizás aterrado por la muerte súbita de algunos de sus amigos, y convencido de que los aires de España eran nocivos para gente del Norte; quizás llevado á su país natal por secretas aficiones, causa de los amargos celos de Doña Juana; quizás por antipatía hacia el Rey Fernando, alimentada por los flamencos, que no tardó en dar sus frutos, después de muerta la Reina. Doña Juana quedó sumida en un sombrío dolor que rehusaba todo consuelo, siniestro relámpago que anunciaba mayor tormenta con el tiempo, primer anuncio de aquella locura que historiadores y poetas trasmiten á la posteridad envuelta en una nube de vaga y dulce melancolía. En vano su cariñosa madre la atendía con solícito afán y la rodeaba de tiernos cuidados. Doña Juana parecía insensible á todo lo que no fuera su esposo, insensible hasta serle poco menos que indiferente la suerte del nuevo ser que llevaba en sus entrañas, fruto de aquel amor infausto.
En circunstancias tan angustiosas la Reina Isabel necesitaba consuelos, y en busca de ellos, se constituyó con su hija en Alcalá al lado de Cisneros. Fué de los primeros el Arzobispo en revelar á la Reina el estado de desvarío de su hija para la que no habia otro remedio que la presencia de su esposo, aconsejóle que anunciase á la Infanta que, al librar de su embarazo, en la próxima primavera, se embarcaría para Flándes, con lo cual se la daba el mejor consuelo, y por último hizo un sentido llamamiento á la genial entereza de la Reina para que se hiciera superior á aquella desgracia y recobrase el espíritu varonil de sus mejores días. No desmayó la Reina ya, de tal manera que después de la breve entrevista que tuvo con su esposo, venido de Cataluña sólo para consolarla y que partió al instante para defender á Perpiñan, amenazado
