En 1864, se realizaron elecciones parlamentarias. Se desarrollaron durante los días 27 y 28 de marzo, en un ambiente muy semejante al que había imperado en las elecciones anteriores. La Fusión Liberal Conservadora triunfó en ellas ampliamente. Los Nacionales, apenas pudieron elegir a sus más connotados jefes, como Manuel Montt, Antonio Varas, Miguel Cruchaga, Waldo Silva, José Balmaceda. Ese mismo año se fundó el diario "El Independiente" que estaba destinado a defender los intereses políticos de la "Fusión".
En esta forma el gobierno de la Fusión contó con una sólida base: mayoría parlamentaria, prensa, apoyo, del clero y de la aristocracia, apoyo de los elementos liberales. Aun cuando en un principio no, "se usó de este poderío para perseguir a los, adversarios políticos, con el andar del tiempo se produjeron destituciones y persecuciones; y, aun, se llegó al caso de acusar a la Corte Suprema de Justicia. En esta acusación, sin embargo, no tuvo intervención el Presidente de la República.
El Gobierno de la Fusión Liberal Conservadora, no, obstante estar formado por fuerzas parcialmente antagónicas, significó un avance en el proceso de liberalización del país. Así, en 1865 se dictó una ley explicatoria de la Constitución Política, estableciéndose que los no católicos podrían realizar las ceremonias de su culto en recintos privados, y fundar escuelas particulares. Fue derogada también la ley de responsabilidad civil, dictada durante el gobierno de Montt, para reprimir las rebeliones populares y se estableció la prohibición de reelegir al presidente de la República para el período inmediato.
Cuando se trató de designar candidato presidencial para las elecciones en que habría de elegirse al sucesor de José Joaquín Pérez, la Fusión Liberal Conservadora puso sus ojos en el jefe conservador Manuel Antonio Tocornal; mientras la oposición, formada por nacionales y por el naciente Partido Radical, asignó a José Tomás Urmeneta. Por fallecimiento de Tocornal, la "Fusión" designó candidato a Federico Errázuriz Zañartu, quien en definitiva resultó elegido, presidente de la República.
Federico Errázuriz Zañartu inició, su gobierno con un Gabinete netamente fusionista, en el que tomaron parte figuras connotadas de los partidos Liberal y Conservador, como Eulogio Altamirano, Abdón Cifuentes, Aníbal Pinto, etc.
