Bien pronto las divergencias doctrinarias entre ambos partidos hicieron sentir su efecto y empezaron a producirse rozamientos dentro del mismo gobierno. Las más importantes causas que provocaron esta situación fueron las llamadas "cuestiones teológicas" y el problema educacional. La mayoría de los liberales preconizaba la solución de las cuestiones teológicas laicizando; totalmente la organización pública del país. Quería cementerios laicos matrimonio civil; separación de la Iglesia, y el Estado; supresión del fuero eclesiástico. El Partido Conservador, en cambio, apoyado por el clero, se oponía tenazmente a estas reformas. En materia educacional, el Partido Conservador se oponía a la introducción en los programas de algunas materias, como ciencias naturales, por estimar que afectaban a la fe católica y a la moral privada de los individuos. Deseaba también establecer amplia libertad educacional, quitando, al Estado el monopolio de la educación y sobretodo, del otorgamiento de títulos; medida que el Partido Liberal resistía decididamente.
El Ministro conservador de Instrucción Pública, Abdón Cifuentes, trató de implantar por medio de un decreto la libertad educacional; pero los abusos que se originaron al amparo de esta medida en el otorgamiento de títulos, la transformaron en un completo fracaso. El Ministro Cifuentes se vió obligado a renunciar.
Después de la renuncia de Cifuentes, el presidente Errázuriz organizó un gabinete exclusivamente liberal (1873), que marcó el comienzo de la disgregación de la Fusión Liberal Conservadora oficialmente, la combinación se mantuvo hasta 1875, aun cuando de hecho estaba ya quebrantadas. Aquel año de 1875, Federico Errázuriz llamó al gobierno al Partido Radical. Así terminó esta combinación política, que había desempeñado un importante rol político y que había logrado mantenerse durante 18 años.
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