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El Dr. Balmis se contrajo con todo empeño en preparar la salida de la comisión sanitaria. En las Memorias del príncipe de la Paz, escritas según los datos presentados al rey por el director de la expedición, en 1807, se dice que fué el 30 de Noviembre de 1803 el dia en que zarpó de la Coruña la corbeta María Pita, comandada por el teniente de fragata don Pedro del Barco. A bordo de esta nave iba Balmis con diez facultativos abnegados y con veinticinco niños, acompañados por sus madres ó nodrizas, los que debían conservar el fluído vacunífero, brazo á brazo, durante la prolongada travesía. Estos niños, por acuerdo del monarca fueron adoptados como hijos especiales de la nación española.

La humanitaria misión inició sus tareas en las Canarias, para seguir á Puerto Rico y á Caracas, dividiéndose, en esta ciudad, en dos comisiones; la presidida por Balmis se dirijió á la Habana, Yucatán, Veracruz y toda la Nueva España, para seguir de Acapulco—después de haber tomado otros 25 niños — al archipiélago de Filipinas, á las costas de China y por último á la isla de Santa Elena, para llegar á Lisboa el 15 de Agosto de 1806, después de haber vacunado por centenares de miles y de recibir las bendiciones de la humanidad doliente. El célebre poeta español don Manuel José Quintana dedicó un canto épico á la sublime expedición Balmis.

El ayudante de Balmis, don Francisco Pastor, se quedó en Yucatán para seguir á socorrer los pueblos de Centro America.

En tanto la segunda comisión que se separó de Caracas, á cargo de don Francisco Salvany, recorría las colonias de Nueva Granada y Ecuador para llegar á Lima en los comienzos del año 1806, después de sembrar la salud y la vida y de recibir los homenajes de los pueblos como lo experimentaron todas las comitivas oficiales que llevaban tan benéfica misión.

En las capitales, principalmente en Bogotá y en Quito, el reconocimiento social y popular tuvo mayores caracteres; se cantó en las catedrales misas solemnes é himnos de gracias y en los pórticos de las iglesias se hacían las primeras vacunaciones llevándose los pequeños niños al pié de los altares para ser alzados por los altos funcionarios y presentados al pueblo como seres bendecidos y portadores de la salud.

Estas comisiones dejaban en cada ciudad elementos de propaganda, enseñaban á los facultativos y hasta á los curanderos á conservar el fluido, á utilizarlo y á ejercer con tenacidad sus tareas en los campos y pueblos á donde no había alcanzado su acción.