El 3 de septiembre de 1948, con el Nº8987, fue promulgada la "Ley de Defensa de la Democracia", que significó un duro golpe para el Partido Comunista. Por medio de sus disposiciones se declaraba a los comunistas fuera de la ley, se ordenaba cancelar sus inscripciones en los registros electorales, y se eliminaba a sus militantes de la Administración Pública y de los Consejos de las instituciones semi fiscales.
Con la nueva ley se inició una nueva etapa de persecución al comunismo. Sus militantes fueron eliminados de los registros; se separó a quienes ocupaban cargos públicos o semi fiscales; se practicaron detenciones y relegaciones. Esta actitud no dejó de producir reacciones contrarias, aun en círculos no comunistas, como en el mismo seno de los partidos Radical, y Conservador, y de la Masonería. Especialmente, esta última instancia, se había opuesto desde un principio al proyecto del ejecutivo y había dirigido al presidente de la república una extensa comunicación al respecto, en uno de cuyos acápites le decía: "En días pasados tuvimos oportunidad de manifestaros la inquietud que en el seno de nuestra institución ha creado el proyecto de ley de Defensa de la Democracia, el peligro que ella pudiera envolver por el mal uso en el futuro para la estabilidad de la Orden en Chile, y el juicio adverso que sus disposiciones han merecido a nuestras Logias y Hermanos, desde el punto de vista de nuestros principios. Tuvimos oportunidad, asimismo, de relataros cómo en la última Asamblea de la Gran Logia de Chile, celebrada el domingo de Pentecostés, habían levantado innumerables voces para impugnar el citado proyecto."
El Partido Comunista quedó así eliminado de la acción pública y sólo pudo actuar en la clandestinidad. Consecuencia de ello fue que en el congreso de 1949 no pudo elegir representante alguno.
Por esta misma época, y en íntima relación con la trayectoria del Partido Comunista, se produjo la ruptura de relaciones diplomáticas de Chile con los países comunistas, Rusia, Checoslovaquia y Yugoeslavia (21 de octubre de 1947). Chile había entablado relaciones con Rusia solo el año anterior y con fecha 12 de abril había llegado a Santiago la primera representación diplomática encabezada por Dimitri Zhukov. Esta representación diplomática, excesivamente numerosa desde un principio, llegó poco después a sobrepasar al número de mil personas, lo cual hizo nacer fundadas sospechas acerca de la naturaleza de sus actividades e hizo pensar en su connivencia con el comunismo nacional en los sucesos internos. Producida la ruptura, Zhukov abandonó el país
