renunció a su candidatura.
El Partido Nacional designó entonces como candidato a José Joaquín Pérez, que contó con el apoyo de la Fusión Liberal Conservadora, siendo, así, elegido sin lucha Presidente de la República.
Al subir a la presidencia José Joaquín Pérez el 18 de setiembre de 1861, encontró al país, o, mejor dicho, a su clase dirigente, dividida en dos sectores: por un lado los Nacionales, que predominaban en el Congreso Nacional y en la administración; y, por el otro; la Fusión Liberal Conservadora, que contenía en su seno valiosos elementos de la aristocracia y de la intelectualidad. Comprendió la necesidad de producir armonía entre ambos sectores y ya desde su primer Ministerio exteriorizó, esta tendencia. Dos nacionales, obispo y un militar integraron su primer gabinete que contó con las simpatías de la Fusión Liberal Conservadora.
El Partido Nacional, no satisfecho con la forma como el Presidente había organizado su primer gabinete, fué apartándose poco a poco de él. Mientras los fusionistas aplaudían al presidente, considerando que reaccionaba en contra de los moldes del anterior gobierno, los nacionales consideraban su actitud como un alejamiento de los principios del Partido Nacional. En el Congreso, empezó, a producirse una verdadera oposición de parte de los nacionales y la situación del Ministerio se hizo tan difícil, que se vio obligado a renunciar.
El Presidente Pérez se veía en el trance de elegir entre el sector nacional o montt-varista, y la "Fusión". Por diversas razones optó por la Fusión y organizó en 1862 un gabinete decididamente fusionista, encabezado por Manuel Antonio Tocornal e integrado por liberales y conservadores. José Victorino Lastarria, primero, y luego, Domingo Santa María, en la cartera de hacienda, representaron al Partido Liberal y Miguel Gúemes, en la cartera de Justicia, Culto e Instrucción Pública, representó al Partido Conservador.
Este gabinete de Fusión Liberal Conservadora, marca, pues, la llegada al poder de esta, combinación pulítica; y es, al mismo tiempo, el comienzo de la influencia de los partidos en el gobierno, no obstante imperar un régimen presidencial. Esta influencia se irá acrecentando con los años hasta debilitar considerablemente la autoridad presidencial y llegar a imponer el régimen parlamentario.
