En el primer Gabinete del Presidente don Jorge Montt, que fué elegido después del triunfo de la Revolución, figuró como Ministro de Obras Públicas don Agustín Edwards; y en el Gabinete siguiente fué Ministro del Interior don Pedro Montt. Ambos eran destacados miembros del Partido Nacional y habían participado activamente en la Revolución.
En las elecciones parlamentarias de 1891, los nacionales obtuvieron solamente 9 diputados; y en las de 1894, su número bajó a 5.
Mientras tanto, desde fines de 1891, se había producido una fusión entre liberales y nacionales, aun cuando tenía más caracterese formales que reales, pues las diferenciaciones continuaron existiendo. Esta fusión se concretó en la Convención realizada en Setiembre de 1892, y en ella se eligió Presidente del Partido a don José Besa, que era a la sazón Presidente del Partido Nacional.
Sin embargo, ya en las elecciones presidenciales de 1896, la división se produjo nuevamente, pues mientras los nacionales integraron la Coalición con conservadores y un grupo liberal, apoyando la candidatura de don Federico Errázuriz Echaurren, el otro grupo liberal, junto a radicales, demócratas y balmacedistas integró la Alianza Liberal y apoyó la candidatura de don Vicente Reyes.
Durante el Gobierno de don Federico Errázuriz, que resultó triunfante, el Partido Nacional, siempre dentro de las normas del régimen parlamentario, formó parte en varios Gabinetes.
En las elecciones presidenciales de 1901, formó otra vez parte de la Coalición, con el Partido Conservador. El candidato fué en esta ocasión don Pedro Montt, personero que encarnaba los principios Montt-Varistas. Resultó derrotado por el candidato de la Alianza Liberal don Germán Riesco, quien asumió la Presidencia de la República el 18 de Setiembre de 1901. Presidente del Partido era don Elías Fernández Albano, en esa época.
En 1906, integró la Alianza Liberal con radicales y un grupo liberal. Su candidato fué otra vez don Pedro Montt, quien resultó ahora elegido y asumió la Presidencia de la República el 18 de Setiembre de 1906.
En 1910 participó en la elección de don Ramón Barros Luco, que fué elegido sin lucha Presidente de la República.
