Elejido diputado á la legislatura y más tarde al congreso constituyente, fué por su gran elocuencia un campeón de la inteligencia en las luchas políticas y religiosas.
Fué profesor de Derecho Romano, durante varios años, hasta que por fin en 1880 empieza su gran período como orador pronunciando desde su sillón de Diputado, sus admirables discursos sobre el matrimonio civil, la enseñanza laica, el recurso de la fuerza y otros no menos notables.
En 1882 fundó en compañía de Estrada, un periódico católico «La Unión» revelando con este motivo brillantes dotes de polemista.
Como biógrafo, tiene un laborioso Estudio sobre Félix Frías, con el que tenía notables puntos de semejanza y moral é intelectual.
Goyena nació filósofo, y lo fué eximio por el caudal copioso y sólido de ilustración que adquirió. En la tribuna su poder de análisis no tuvo rivales que le disputasen la primacía, su elocuencia se difundía y profundizaba, hasta donde tan sólo alcanzan los espíritus superiores, su lenguaje era de una riqueza abundante é inagotable y, por último, cada palabra conducía una intención, porque en su cerebro privilegiado, cada instante era una idea.