FRAP proclamó la candidatura presidencial del senador Socialista Dr. Salvador Allende. Esta circunstancia habría de traer consecuencias de gravedad para el Partido, pues un grupo numeroso, presidido por el diputado Rafael de la Presaa, abandonó el Partido y formó, una nueva selectividad política con el nombre de "Nueva Izquierda Democrática". Esta colectividad, de la cual formaren parte cinco diputados, adhirió a la candidatura presidencial de don Eduardo Frei y posteriormente entró a formar parte del Partido "Democracia Agrario Laborista". El PADENA, después de esta escisión, quedó reducido a siete diputados.
En 1964, en el seno del FRAP, luego de diversos incidentes, fué designado Presidente de la combinación don Luis Fernando Luengo, a la razón Presidente del Partido Democrático Nacional. En esta forma, el Padena adquirió una situación preponderante dentro del FRAP y en la dirección de la campaña presidencial del Dr. Salvador Allende.
Los resultados electorales de las próximas elecciones no fueron favorables al PADENA. En las elecciones presidenciales de Setiembre de 1964 resultó derrotado el candidato del FRAP, al cual apoyaba; y en las elecciones parlamentarias de marzo de 1965, solo obtuvo 73.547 votos, eligiendo tres diputados y un senador, que fué su Presidente señor Luis Fernando Luengo.
Con posterioridad se fué produciendo un distanciamiento entre este partido y los demás integrantes del FRAP. El PADENA representaba dentro de esta combinación una tendencia de izquierda no marxista. Finalmente este Partido y los demás integrantes del FRAP. En el voto aprobado se mantuvo que el Padena encarnaba una tendencia de "Izquierda Democrática". Textualmente se estableció en parte del voto político lo siguiente:
a) Que por filosofía, doctrina y extracción social el PADENA es de franca posición de izquierda democrática. b) Que esta afirmación se orienta completamente a impulsar, por mejores caminos el proceso revolucionario que dé nuevas bases a las estructuras económicas, políticas y sociales del país. tendientes a satisfacer las necesidades materiales y subjetivas del pueblo chileno. e) Que estas aspiraciones no las ha podido impulsar con mayor vigor dentro del Frente de Acción Popular.......d) Que les partidos Comunista y Socialista, principalmente, no están en este momento en las mejores condiciones psicológicas y políticas para atraer e incorporar este proceso de la Revolución Democrática."
