denes del coronel Venancio Flores, marchó con ella por vía marítima en operaciones sobre los departamentos del Este, al principiar 1846.
Derrotado por las fuerzas oribistas del coronel Juan Barrios el 16 de enero del mismo año, en la villa de San Carlos, fué hecho prisionero junto con varios de sus oficiales y remitido al campo del Cerrito, donde el jefe del ejército sitiador general Manuel Oribe, lo hizo atar con una cadena pierna con pierna con el capitán José Rubio, uno de los oficiales capturados. Este tratamiento bárbaro prolongóse por bastante tiempo, dando origen a múltiples versiones, como la horrenda de que sustituido Rubio por el comandante Chentopé, cuando éste fué degollado, Pantaleón Pérez permanecía en la otra punta de los hierros.
Pero el rigor se dulcificó paulatinamente hasta cesar y convertirse en un trato de excepción, tan desusado en el Ejército de Vanguardia de la Confederación Argentina, donde las prácticas rosistas imperaban, que el teniente coronel Pérez aceptó entrar al servicio de Oribe que le había perdonado la vida.
Pacificada la República por el acuerdo del 8 de octubre de 1851, en el gobierno de Giró fué nombrado jefe de las fuerzas de la Guardia Nacional el 28 de marzo de 1853, y mandaba éstas en la revista militar del 18 de julio, cuando se produjo el choque sangriento con los batallones de línea. Desbandados sus hombres bisoños de milicias en todas direcciones, Pantaleón Pérez hizo inútiles esfuerzos por contenerlos, y en el entrevero fué herido de bala.
Al acentuarse la reacción blanca en la presidencia de Gabriel Pereira, Pérez sustituyó al coronel Bonifacio Vidal en la jefatura política de Canelones, por decreto de 7 de noviembre de 1857, y fué promovido a coronel graduado el 9 de febrero del 58, después de vencida en Quinteros la revolución colorada del general César Díaz.
Comandante del 1er. regimiento de la Guardía Nacional de Canelones en setiembre del mismo año, en el gobierno de Bernardo P. Berro llegó coronelato efectivo el 8 de octubre de 1862.
Desde el 3 de junio de 1861 venia desempeñando funciones de Oficial Mayor del Ministerio de Guerra y Marina, a virtud de nombramiento expedido con la misma fecha en que el exabrupto presidencial exonero al “Gran Ministerio”, y en tal carácter interino aquella Secretaria de estado. Nuevamente tuvo ese cargo del 10 de octubre de 1863 hasta el 28 de febrero del 64, cuando abandono el puesto Luis de Herrera.
Adhirió con la mayoría de su partido al orden político subsiguiente al motín del 15 de enero de 1875, y el presidente usurpador Pedro Varela lo hizo miembro de la Comisión redactora del Código Militar el 23 de febrero del mismo año.
El 1° de enero de 1877, gobernando el país el coronel Lorenzo Latorre, pasó a la Comisión revisora del Escalafón Militar, cargo que desempeñó hasta agosto de 1879.
