ral Manuel Oribe, se le dió la jefatura del batallón 6º de infantería por decreto del 14 de enero de 1843, con retención de su cargo de oficial mayor, cesando en la jefatura del batallón 6° el 30 de noviembre del propio año 43.
La misma situación se repite el 12 de noviembre de 1844, en que siendo oficial mayor se le nombra interinamente Capitán del Puerto de Montevideo y jefe del Batallón Matrícula, donde permaneció hasta el 17 de abril de 1846.
En octubre de 1846, debiendo pasar en comisión al ejército de operaciones el Ministro de Guerra y Marina coronel José Antonio Costa, lo sustituye en el despacho el oficial mayor Carlos de San Vicente.
El 19 de junio de 1849 volvió a ocupar por tercera vez el cargo de Capitán del Puerto, donde permaneció hasta el 23 de abril de 1850.
Elegido Presidente de la República Gabriel Antonio Pereira el 1º de marzo de 1856, merced a un momentáneo acuerdo entre las fuerzas opuestas de los generales Oribe y Flores, las dificultades con que se tropezaba para llenar un cargo tan importante como el Ministerio de Guerra y Marina en forma que satisfaciera a las fracciones, llevaron al nuevo magistrado a proveer la cartera con el coronel San Vicente, antiguo y particular amigo suyo, el 18 de marzo, cuando todas las demás secretarías estaban ocupadas desde hacía días. Para contemplar impaciencias el nombramiento se hizo con carácter de interino, pero el propósito de Pereira debía ser distinto, conforme a lo que demostrarían los hechos.
Ascendido a coronel mayor en el siguiente mes de abril, San Vicente continuó en el ministerio hasta que, a su solicitud y de acuerdo con el Presidente, obtuvo licencia “para atender el restablecimiento de su salud” el 30 de diciembre de 1857. El provisoriato había durado casi dos años.
El panorama político era sombrío en ese entonces. Conmovido el país por la revolución de los colorados conservadores que acaudillaba el general César Díaz, los antecedentes del Ministro de la Guerra, hombre que se ligaba históricamente con el Partido Colorado, eran sospechosos a los políticos blancos exaltados que imperaban sobre el ánimo de Pereira. Bajo la presión de los acontecimientos, el Presidente, atendiendo a la mala salud de su ministro, se avino a alejar del gabinete a su probado amigo, siquiera con carácter temporario.
Esta circunstancia afortunada ahorró al general San Vicente la responsabilidad histórica derivada de que su nombre apareciese mezclado en los terribles sucesos de Quinteros, conforme apareció el del coronel Andrés A. Gómez, jefe del Estado Mayor, a quien se le había confiado interinamente el Ministerio.
La buena voluntad del Presidente para conservar su secretario de Estado, vino a estrellarse no obstante con el obstáculo fatal que configuraba la salud de San Vicente, el
