Capitán ayudante del batallón que mandaba el teniente coronel Rufino Domínguez mientras se Organizaban las huestes en Entre Ríos, a la hora de pisar tierra nacional por Guaviyú, su rectitud de principios le había traído por consecuencia el alejamiento, de la unidad.
Envuelto en la derrota de Quebracho, cuando el 31 de marzo de 1888 el ejército gubernista del general Máximo Tajes venció completamente a los revolucionarios mandados por los generales Enrique Castro y José Miguel Arredondo, fué hecho prisionero y se le condujo a Montevideo con cantidad de otros ciudadanos.
Devuelto inmediatamente a la libertad como todos les demás vencidos de la corta campaña, no quiso permanecer en la capital, yendo a reunirse en la frontera con el coronel Nicasio Galeano, antiguo procónsul latorrista, que parecía dispuesto a temar posturas de libertador.
Como el propósito tardara, Batlle volvió a Montevideo y el 16 de junio del mismo año 86 sacó a la calle “El Día”, hoja que — con alguna solución de continuidad — sigue publicándose hasta ahora.
El semestre de campaña periodística que subsiguió a la aparición de “El Día”, fué el más violento y peligroso de las campañas periodísticas de Batlle y Ordóñez el cual, como otros colegas, vióse reducido a prisión y tal vez en peligro de vida.
El atentado de Ortiz seguido de la Conciliación de Noviembre, transformaron pacifica y felizmente la marcha del país.
Adicto a la evolución que el gobierno del general Tajes iniciaba, Batlle, colorado por antecedentes de familia pero con real desvinculación de ese partido mientras servía de bandera al régimen santista, se hizo partícipe de las ideas que venía sustentando el Dr. Julio Herrera y Obes, tendientes a llevar a la práctica la reorganización de la vieja parcialidad histórica, procurando que fuese evolutivamente un partido con directivas fijas dentro de sus tradiciones liberales.
Como funcionario colorado se le nombró Jefe Político y de Policía del departamento de Minas el 13 de mayo de 1887 y la designación fué recibida con general simpatía. Durante seis meses estuvo en el desempeño del cargo y puso y particular empeño en hacer prácticas las ideas de libertad, respeto y honra por que había propugnado desde las columnas de la prensa.
Desavenido con el presidente Tajes dimitió el cargo, reintegrándose a Montevideo. “El Día” había cesado de aparecer a poco de su ida a Minas, por lo cual hallóse sin tribuna periodística hasta el 19 de diciembre del 89, en que “El Dia” reapareció como órgano del Partido Colorado y sustentador de la candidatura del Dr. Julio Herrera y Obes.
Electo Herrera y Obes el 1° de marzo de 1890, en las primeras elecciones generales José Batlle y Ordóñez fué votado representante por el Salto y en el término de sus tres
