Al dividirse la opinión del país en la guerra civil de 1836 38, Aguirre que continuaba en funciones de Comisario de Guerra, defendió la causa del gobierno constituído del general Manuel Oribe y figuró entre los ciudadanos que, hecha renuncia de sus destinos públicos y abandonando Montevideo, estuvieron con el en el campo del Cerrito durante el Sitio Grande.
Elegido diputado por Minas en 1852, cuando ajustada la Paz de Octubre se estableció la normalidad constitucional, su intervención activa y directa a favor del presidente Giró, depuesto en 1853 por un movimiento subversivo, dió lugar a que el gobierno del Triunvirato le enviase, el 23 de abril, su pasaporte para abandonar el país.
Eh la presidencia de Pereira tuvo los nombramientos de miembro del Consejo Consultivo de Gobierno instituído en marzo de 1856, pero cuyo funcionamiento fue aplazado sin día, miembro de la Comisión de inmigración y Colonización y de la de repatrio y socorro de uruguayos.
Diputado por Paysandú en la 5ª legislatura de 1858, presentó su candidatura a senador por Maldonado, pero no obstante el calor oficial que la prestigiara, el coronel Bernardino Olid, caudillo militar de aquellos pagos, le ganó la elección.
Votado en el departamento de Salto, ingresó al Senado en 1861 y ocupaba ese cargo cuando al plantearse el problema de la sucesión presidencial de Bernardo P. Berro en 1864, Berro logró que Aguirre fuese electo para presidir el alto cuerpo el 15 de febrero, correspondiéndole de este modo ejercer el Poder Ejecutivo “ad interin” dada la imposibilidad de renovarse la legislatura estando el país conmovido por la revolución de Flores.
Dificilísimos eran los momentos en que Aguirre entraba a actuar como primer figura de la política y más difíciles todavía tratándose de un ciudadano honesto y con buenas intenciones, pero mediocre y de escasa fibra, encaprichado en concluir por la guerra una guerra que no tenía medios para concluir y últimamente bloqueado por camarillas políticas sin norte, atentas a sus inquinas y a sus ambiciones, conforme resulta del estudio imparcial y documentado de uno de los periodos caóticos de nuestra historia.
Los revolucionarios colorados aumentaban día a día en número y audacia, demostrando una movilidad increíble, que contrastaba con la lentitud de los ejércitos gubernistas que se consumían en marchas y contramarchas inútiles. Para juntarse a a todo esto, vino luego el conflicto con el Imperio del Brasil, agudizado por elementales faltas de tacto del lado uruguayo. El Imperio, en apoyo de sus reclamaciones envió un comisionado especial, el consejero Saraiva, que de entrada chocó con nuestra Cancillería. Fracasada la misión Saraiva, el Brasil abrió hostilidades contra el gobierno de Montevideo, uniéndose a los revolucionarios de Flores.
Sitiada la plaza de Paysandú, el
