En febrero de 1842 dejó el servicio de la escuadra y pasó agregado al Estado Mayor del Ejército, hasta que al iniciarse el sitio de Montevideo, el general Paz lo amó a servir en las baterías de la línea de fortificación.
Enviado a mandar la pequeña guarnición de la Isla de la Libertad, posición defendida con escasas obras, aislada en medio de la bahía y en permanente riesgo de que la atacasen las fuerzas navales enemigas, permaneció treinta y ocho meses en su puesto, hasta que en 1847 se le trajo de nuevo a la línea fortificada, teniendo grado de coronel desde el 25 de julio de 1844,
Complicado, a juicio del gobierno de Suárez, en el movimiento anárquico del 17 de julio de 1847, que tuvo principio de ejecución cuando el teniente Ramírez sacó e la calle, con falses palabras, al batallón 1° de infantería de que formaba parte, Dupuy, preso igual que varios otros jefes de igual o mayor graduación, fué desterrado por las autoridades, embarcándolo en la nave que la llevaría fuera de cabos. Los móviles de la tentativa no se aclararon nunca en forma suficiente,
La ausencia de la República prolongóse hasta la conclusión de la Guerra Grande.
Sin mayor actividad militar después de la paz de 8 de octubre de de 1851, con fecha 16 de febrero 1852, se le considera “con el sueldo integro de su clase como sí estuviese en servicio activo de la marina, en consideración a los servicios prestados al país”.
En octubre del mismo año 52 pasó a órdenes del Capitán del Puerto y en 1853, en el gobierno del Triunvirato, tornó al servicio activo como jefe de Escuadra, para batir con escasos elementos reunidos a prisa, a los barcos de la escuadrilla que permanecían fieles al presidente Giró, los cuales dominaban el río Uruguay. Dupuy tuvo buen éxito en su empresa, abordando por la costa de Paysandú a la goleta “Constitución”, nave capitana del enemigo.
El general Flores, conservándolo a su lado al llegar a la Presidencia de la República, en 1854, lo hizo su edecán y le dió grado de coronel efectivo de marina, el 24 de octubre de 1855. Más tarde, emigrados ambos en Argentina, cuando el general se puso a servicio del gobierno de Buenos Aires, Dupuy hizo otro tanto participando en las luchas con la Confederación.
Edecán de Gobierno el 5 de marzo de 1856, conservó el puesto hasta el 25 de febrero de 1837, en la presidencia de Pereira.
Fué dado de baja en febrero de 1858, por creérsele complicado en el movimiento revolucionario del general César Díaz, pero el gobierno de Berro lo reincorporó a los cuadros en noviembre de 1862. Dado de baja nuevamente en noviembre de 1863, en esta ocasión los motivos eran evidentes; pues adicto como lo había demostrado ser al general Flores, se
