Pero la precipitada ambición del sector partidista virtualmente derrotado en la guerra, trajo un presidente blanco, Juan Francisco Giró, personaje consular pero muy por debajo de las exigencias de la nación. Giró lo hizo Ministro de Hacienda el 19 de julio de 1853, en momentos en que la situación tenía conmovidos los cimientos por los graves sucesos de la víspera y sólo se mantuvo en el cargo hasta el 25 de setiembre, al establecerse el Triunvirato Militar.
Disuelto éste por la muerte de los generales Rivera y Lavalleja, el Triunviro sobreviviente, coronel Venancio Flores, ascendió al poder como presidente electo el 12 de marzo de 1854 y la Asamblea General, secundando las miras de conciliación del nuevo gobernante, votó al Dr. Herrera y Obes, el 5 de marzo, para integrar el Tribunal de Justicia.
El electo hizo una enérgica renuncia expresando que no tenía voluntad para ejercer la magistratura en circunstancias que sus miembros no podían sentirse amparados por las garantías legales.
El movimiento armado de los conservadores en agosto de 1855 lo acercó de nuevo al poder, cuando el 31 del mismo mes fué Ministro de Hacienda y Relaciones Exteriores de Luis Lamas, presidente provisorio por autoridad de los revolucionarios. Pero escasos días. permaneció en el puesto, porque el 10 de setiembre Lamas resignaba el mando en Manuel Basilio Bustamante, presidente del Senado.
Nuevamente electo camarista del Tribunal en mayo del 58, gobernando Pereira, fué votado para senador en 1863.
Su neta filiación partidaria de los tiempos de la Defensa había sufrido una merma y entonces, desesperando tal vez del futuro político de la República anarquizada, fluctuaba en un partidarismo tibio o si se quiere falto de norte.
El triunfo de los colorados con el general Flores a la cabeza, en febrero del 65, lo encontró en el Senado que había acompañado a Atanasio Cruz Aguirre, pero a pesar de esto y de que sus relaciones políticas con aquél no eran buenas, el vencedor no quiso prescindir de las luces del jurisconsulto y lo nombró presidente de la Comisión Revisora del Código de Comercio en 1885 y del código Civil en 1867, conforme había de serlo más adelante en otras funciones facultativas de igual orden.
El 3 de julio del 68 el presidente general Batlle le confió la cartera de Relaciones Exteriores, pero en disidencia con el magistrado abandonó pronto el cargo. Dos años más tarde, sin embargo, el Dr. Herrera y Obes “interpelado en su patriotismo” y con el ejemplo que Batlle le daba del suyo, aceptó reingresar al ministerio el 30 de setiembre de 1870, en momentos difíciles de la política. Inmediatamente se iniciaron nuevas gestiones en pro de la pacificación de la República conmovida de meses atrás por las fuerzas rebeldes del coronel blanco Timoteo
