Se matriculó en la Facultad Imperial de Montpellier, dispuesto a hacerse médico, y allí tuvo funciones de disector. No concluyó su carrera sin embargo y llegó a Montevideo sin más título que los certificados de estudio, por cuyo motivo la Junta de Higiene, previo examen rendido en 1867, solo le otorgó título de cirujano, sin que ello fuese impedimento para que Jurkowski ejerciera igualmente la medicina.
Médico del Lazareto de la Isla de Flores, dejó el cargo en marzo de 1871 para trasladarse a campaña. Después de probar fortuna en Rocha pasó a la villa de Minas, donde fué médico de policía hasta 1876, en que hizo renuncia del puesto, para volver a la capital.
Empezaban a funcionar entonces las dos primeras cátedras de nuestra Facultad de Medicina y Jurkowski ganó por concurso de oposición entre tres aspirantes la cátedra de Anatomía. El concurso tropezó con muchas dificultades, pues la Comisión que administraba el Hospital de Caridad, manifiestamente hostil a la Facultad por largos años, negóse en absoluto a que pudieran utilizarse cadáveres para las pruebas.
Muy considerado como cirujano, gozando en Montevideo de verdadero prestigio científico y de excelente posición en sociedad, un capítulo pasional hizo que Jurkowski dejara su cátedra y su clientela para ir a radicarse en la ciudad de Salto, donde planteó un instituto hidro-electro-terápico, a cuyo frente permaneció varios años para enajenarlo en 1800, yendo a establecer en sierras de Córdoba (República Argentina), un sanatorio para enfermedades pulmonares. Más tarde pasó como médico a una colonia polaca de Apóstoles (Misiones), donde sus días concluyeron el 22 de diciembre de 1913.
