Gobernando el presidente Venancio Flores, designósele para desempeñar la Jefatura Política de Maldonado, cargo servido desde 1854 hasta el 10 de octubre de 1855, en que lo removió el vicepresidente Bustamante.
En marzo de 1856, apenas electo presidente de la República Gabriel Antonio Pereira, el coronel Magariños vuelve al Estado Mayor Pasivo, con un grupo de jefes y oficiales, principalmente colorados.
Más tarde, en horas de acercamiento de Pereira con la fracción forista de aquel mismo partido, y por sus vinculaciones personales con el coronel Carlos de San Vicente, desempeñando éste la cartera de Guerra y Marina, lo llamó a su lado haciéndolo designar Oficial Mayor del Ministerio el 18 de julio de 1857. En ejercicio de ese puesto fué a interinar la Jefatura Política del departamento de Minas el 2 de noviembre del mismo año 57, en sustitución del coronel Brigido Silveira. No alcanzó a estar un mes en el cargo, pues “siendo tan necesarios los servicios del oficial mayor coronel Bernabé Magariños en el Ministerio de la Guerra, a causa de la indisposición de la salud del Sr. Ministro del ramo”, cesó en el desempeño provisorio del cargo por decreto del 25 del mismo mes de noviembre.
Al triunfo de la revolución de Flores en 1865 se le nombró Oficial Mayor del Ministerio de la Guerra y cuando el dictador marchó a la campaña del Paraguay, llevó consigo al coronel Magariños.
Agregado al Cuartel General y con retención de su empleo, concurrió a las operaciones del litoral, hallándose en la batalla de Yatay y en el sitio y capitulación de Uruguayana, regresando al país en el mes de octubre.
En la presidencia del general Batlle se le designó jefe de la Mesa Pagadora, conservando siempre su cargo de Oficial Mayor, el 13 de abril de 1868. Ascendido a coronel mayor el 12 de junio del mismo año, hizo dimisión del empleo.
De los pocos sobrevivientes con alto grado militar en las listas de la Independencia, el 28 de setiembre de 1878 integró la Comisión encargada de trasladar a la Rotunda los restos de los coroneles mayores Melchor Pacheco y Obes y Eugenio Garzón.
Murió en Montevideo el 19 de junio de 1878, y fué jefe de la rama de los Magariños Fortuna.
MAGARIÑOS, FRANCISCO DE BORJA Román
Diplomático, ministro de Estado y hombre político, cuya actuación en la vida del país fué múltiple y desarrollada a veces en el extranjero.
Hijo de Mateo Magariños, español de buena posición y de Manuela Hermenegilda Cerrato, vió la primera luz en Montevideo el 10 de marzo de 1795.
Recibió una esmerada educación
