Miembro y presidente de la Comisión de Instrucción Pública en el organismo edilicio, desplegó en el cargo inteligentes y útiles actividades casi desconocidas hasta la fecha, empeñado en intervenir en todo y en enterarse de sus mínimos resortes.
Al renunciar el Dr. T. Narvaja la cartera de Gobierno, José M. Montero lo sustituyó en un puesto que bien poco significaba, en un gobierno moral y materialmente quebrado como el de Varela, el 21 de febrero de 1876.
Pero las cosas variaron de especie cuando al asumir la dictadura el coronel Lorenzo Latorre, el 10 de marzo, lo conservó a su lado como Secretario de Estado. Su gestión, de agresividad desusada en las alturas, alarmó al propio dictador, que hubo de contenerlo alguna vez.
Pretendía hacer tabla rasa administración de justicia, con la universidad y con cuanto existía. En sus múltiples notas y telegramas revelaba un absoluto irrespeto a todo y a todos, unido a una insolencia característica. Fué, sin duda, un espíritu malo puesto a la vera de otro atravesado espíritu.
Durante toda la administración de Latorre estuvo a su lado, igual que su colega el coronel Eduardo Vázquez, Ministro de la Guerra. Comparte, de esta suerte, toda la responsabilidad del gobierno y pueda añadirse, todavía, que nada o casi nada puso de su parte para atemperar un rigor o evitar un exceso, En cambio, debe señalarse en favor suyo, que fué el vínculo tendido entre Latorre y José Pedro Varela — su encarnizado opositor de otrora — cuyo acercamiento permitió a este último llevar a cabo su famosa reforma escolar.
Las cuestiones educacionales lo habían atraído siempre y Varela lo tuvo de su lado para vencer muchos obstáculos.
A la caída de Latorre, el 13 de marzo de 1880, Montero vióse obligado a abandonar el país, embarcando para España. En octubre del mismo año se le halla de regreso en Río de Janeiro y fué voz corriente que allí procuró adquirir armas para una tentativa de reacción del dictador derrocado.
Luego de breve estada en la corte imperial, el ex-ministro pasó a vivir a la ciudad de Pelotas, en Rio Grande, para tener contacto más fácil con el ex-dictador, que desde su alejamiento del país residía en Yaguarón, sobre la frontera uruguaya.
Su posición equivoca y las quejas que formulaban los representantes diplomáticos uruguayos, le creaban dificultades, pero la amistad del consejero Antúnez Maciel valió mucho a Montero en estos días de conspiraciones y de intrigas políticas.
En el año 1883, habiéndose noticiado que estaba pronto para regresar al país, hizo pública la carta de 1° de setiembre, donde negaba que eso fuera cierto, añadiendo que “mientras dominara en ella Máximo Santos no regresaría a la patria”. Documento breve y amargo, respira el odio profundo que abrigaba Montero hacia el antiguo amigo que los había desalojado del poder.
