Al crearse en julio de 1852 el 1.er escuadrón de caballería de línea, nombrósele 2° jefe de la unidad. Promovido a teniente coronel graduado el 10 de febrero de 1854, llegó a mandar el escuadrón como primer jefe el 16 de mayo de 1854, en la presidencia de Flores, en carácter de sustituto del coronel Francisco Tajes. Teniente coronel efectiva el 12 de febrero de 1855, continuó en su puesto en el gobierno provisorio de Luis Lamas y en el de Gabriel Pereira, renunciando el cargo el 14 de mayo de 1857.
En 1858 tenía mando de fuerzas en Tacuarembó y Salto y adherente a la revolución del general César Díaz, iniciada en diciembre del 57, hizo reunión de gente armada al norte del Río Negro, a la par de José Gregorio Suárez y Ángel Bálsamo. Después del desastre de Quinteros en febrero del 58, se vió obligado a dispersar sus hombres, para ir a refugiarse en Entre Ríos. Radicó entonces en la Argentina, manteniéndose ajeno, como otros jefes colorados de filiación conservadora, al movimiento revolucionario que el general Venancio Flores trajo al país en abril de 1863 y se prolongó hasta su triunfo en febrero de 1865.
De vuelta a la patria, solicitó y obtuvo su reincorporación al ejército el 14 de mayo de 1868, siendo Presidente de la República el general Lorenzo Batlle. El 15 de junio de 1868 fué designado Jefe Político de Soriano, con misión de no perder de vista a un caudillo del departamento, el coronel Máximo Pérez, hombre levantisco y mañero, a quien el extinto dictador Flores había dado alas a título de ser un elemento que le respondía en absoluto, pero que lo respetaba en igual grado.
Sublevado contra Batlle el general Francisco Caraballo — mayo - julio de 1869 —, Máximo Pérez se mantuvo fiel al gobierno y en consecuencia creyóse en condiciones de pedir para Soriano un Jefe Político de su agrado. Trifón Ordóñez, renunciada la jefatura, fué sustituido por Francisco Varsi, vecino de Mercedes, con el beneplácito del caudillo, En octubre pasó como Jefe Político a Colonia, donde esta vez debía vigilar a Luciano Tolosa, elemento de la misma catadura de Máximo Pérez.
En 1870, cuando el movimiento armado de los blancos que encabezaba el coronel Timoteo Aparicio conmovió al país. Ordóñez tuvo puesto en los distintos ejércitos gubernistas que operaban en campaña, hasta el 20 de agosto del mismo año, fecha en que el presidente Batlle lo trajo a su lado — ascendido a coronel el 13 de julio — para confiarle el Ministerio de Guerra y Marina que dejaba el general Posolo y en el cual iba a permanecer hasta el fin de la administración.
El nombramiento de Ordóñez, hombre de carácter difícil a quien su prolongada ausencia había desvinculado del elemento militar, no causó buen efecto en el ejército, donde se le acusaba públicamente de no haber querido formar en las filas de la Cruzada Libertadora acaudillada por el general Flores.
