1841 en San Calá, el 3 de enero, en Famaillá el 18 de setiembre y muerto Lavalle en las condiciones inesperadas que se conocen, las fuerzas dispersas del ejército libertador se dividieron en grandes grupos para evitar ser tomados prisioneros y, desde luego, sacrificados. Uno de ellos custodió, hasta más allá de las fronteras de Bolivia, el cadáver de su general rastreado por las hienas, por entre las quebradas de los Andes. Otro encaminóse hacia Chile y en él contaban el coronel Niceto Vega y los comandantes Pacheco y Obes y Toribio Varela, con varios oficiales, Vega, que estaba en el último grado de tísis, pedía a sus comapañeros que lo dejasen abandonado a una suerte que ya estaba tirada y se salvasen ellos.
No era posible; checo y Varela lo sostuvieron materialmente hasta llegar a una población próxima a la frontera, donde parecía que al menos podría morir tranquilo. A las pocas horas, sin embargo, una mujer trajo el aviso de que los enemigos se acercaban y hubo que reemprender el camino. Pacheco pudo conseguir una silla de brazos arrumbada en el rincón de una capilla, y asegurándola entre dos caballos cargó en ella al jefe y se internaron en la cordillera. Al otro día el coronel Vega murió y sus compañeros se hallaron libres en Chile, de donde Pacheco y Obes, al cabo de infinitas penalidades, embarcó para Montevideo a reanudar, espada en mano, la lucha contra Rosas en que estaba empeñada la República.
Se le dió de alta en el ejército nacional el 13 de diciembre de 1842, con el mismo grado de teniente coronel que tenía en la Argentina.
Durante el Sitio de Montevideo sirvió en la 1ª Brigada de Infantería de Guardia Nacional, como jefe del Detall, desde el 24 de octubre de 1843, Con anterioridad a esta fecha se había retirado del servicio, pero volvió a él sin aceptar ser dado de alta en el ejército, pues “sólo ha querido concurrir a la defensa nacional mientras duren los peligros de la Patria, sin admitir otro carácter que el de su grado ad honorem”.
Ayudante del Estado Mayor y Fiscal Militar, el 18 de junio de 1844 recibió el mando del Regimiento de Dragones de la Escolta, cargo que mantuvo hasta el 12 de noviembre.
Fuera de servicio cuando sobrevinieron los sucesos de 1853, se le dió de alta en calidad de coronel de caballería de línea el 29 de setiembre, y tuvo a sus ordenes todas las fuerzas de esta arma en la capital, hasta el 22 de octubre.
Agregado al Estado Mayor General, se le destinó a la Plana Mayor Pasiva en diciembre de 1857, sospechado de simpatías con el movimiento revolucionario del general César Díaz. Yendo más allá, el gobierno de Pereira pretendió ejercer sobre el coronel Pacheco y Obes violencias morales, en momentos que se espetaba, en enero del 58, un ataque a la capital; y en esas circunstancias, para recuperar su plena libertad de ciudadano, solicitó su baja absoluta del ejército.
