Recibido del mando el 12 de octubre de 1868, Sarmiento se encontró con el país comprometido en una guerra nacional, teniendo por aliados la República Argentina al Imperio del Brasil y al Estado Oriental, y por adversario, ya casi totalmente vencido, al Paraguay.
Al terminar la lucha declara que la victoria no da derechos, lo que significaba no sólo la proclamación del principio contrario al que aceptaba con los republicanos norte americanos en las cuestiones internas, sino una declaración imprudente como principio regulador en las guerras internacionales, aun cuando en el caso del Paraguay fuese una declaración de poco común magnanimidad, hecha con el sano propósito de hacer simpática su patria á los paraguayos que entonces vivían y á los hijos de sus hijos.
Durante su presidencia sobrevino el estado de guerra civil en algunas provincias: en Corrientes, en Entre Ríos, en San Juan, y últimamente, al terminar su período, en todo el país.
