Ante el desarrollo de los acontecimientos y lo que se consideraba una decidida intervención del Gobierno, el dirigente conservador don Carlos Walker Martínez tuvo palabras de fuego en contra de los círculos oficiales. El propio general Baquedano, no obstante haber sido proclamado el 8 de Abril de 1681 en un comicio de considerables proporciones, optó por retirar su candidatura en vista de la imposibilidad que estimó para su triunfo. En su carta renuncia tuvo las más duras expresiones en contra del Gobierno, por ingerirse, según decía "en actos que deberían estar y están legalmente fuera de su acción".
El Partido Conservador, ya sin candidato y considerándose sin garantías, de hecho no participó en las elecciones. Santa María fué, así, elegido sin competidor.
Posteriormente, Carlos Walker Martínez, en sesión de la Cámara de Diputados, dijo lo siguiente: "Pido que se consigne en el acta de la sesión de hoy mi protesta formal sobre la elección del Presidente de la República. La elección es nula porque está viciada en su origen y todos sus actos han sido la consagración del abuso. Excuso entrar aquí en detalles y seguir paso a paso en este triste calvario de las libertades públicas, porque de sobra todos los que aquí nos sentamos hemos sentido el peso de su enorme cruz sobre nuestros hombros".
Durante el Gobierno de don Domingo Santa María, la oposición del Partido Conservador, llegó a puntos culminantes. En él habrían de renovarse las antiguas luchas religiosas; y el Partido Conservador, de acuerdo con su doctrina y con su tradición histórica, habría de asumir decididamente la defensa de la Iglesia Católica.
Los conflictos empezaron con el Obispo de la Serena don José Miguel Orrego, quien proyectó hacer un viaje a Europa. Como se limitara a comunicar su viaje al Presidente de la República, y éste considerara que debía pedir "permiso", se le impidió la salida, generándose un incidente de proporciones.
