Luego vino el incidente con Monseñor del Frate. Poco antes de iniciarse el Gobierno de Santa María, había quedado vacante la jefatura de la Iglesia chilena, por fallecimiento del Arzobispo Valdivieso. El Gobierno propuso para reemplazarlo al Presbítero don Francisco de Paula Taforó, a quien, por ser de ideas más liberales que la mayoría del clero, se consideraba como una garantía de mejores relaciones entre la Iglesia y el Estado. El señor Taforó fué resistido por la Iglesia chilena y por el Partido Conservador. La inquietud y los incidentes que se originaron a raíz de esta propuesta, movieron a la Santa Sede a enviar a Chile, como Delegado Apostólico, a Monseñor Celestino del Frate. Llegó a Chile en Marzo de 1882 y aquí inició de inmediato una labor investigadora para determinar la conveniencia o inconveniencia de la designación de Taforó, todo en medio de gran agitación, intrigas y conflictos. En definitiva, Moseñor del Frate, informó desfavorablemente la candidatura de Taforó.
El Gobierno chileno, en señal de protesta por la actitud de Monseñor del Frate, adoptó diversas medidas que significaron un total rompimiento con la Santa Sede. En efecto, el 15 de Enero de 1883, el Ministro de Relaciones Exteriores entregó sus pasaportes al Delegado Apostólico, invitándolo así a abandonar el país. Aparte de ello, rompió relaciones con la Santa Sede, dando instrucciones al representante chileno don Alberto Blest Gana para que hiciera presente que tal situación se mantendría mientras subsistiese la oposición al nombramiento de Taforó.
Posteriormente el Gobierno de Santa María presentó al Congreso Nacional una serie de leyes de carácter laico, como represalia, según se dijo en círculos adversos, por la actitud de la Iglesia. En Julio de 1883 se inició la discusión del proyecto que establecía el Matrimonio Civil. Luego se discutieron la separación de la Iglesia y Estado, el Registro Civil, los cementerios laicos, etc. Es fácil imaginar el enorme revuelo que tales proyectos y su discusión causaron en la opinión católica del país.
El Partido Conservador asumió ardorosamente la defensa de la iglesia y de los principios religiosos. No tenía representación en el Congreso Nacional, pues se había abstenido de participar en las elecciones parlamentarias de 1882 y su único candidato, con Carlos Walker Martínez, presentado por Santiago, había sido derrotado. Pero su acción se hizo presente en la prensa, en los comicios públicos, etc.
Hubo en el Congreso, sin embargo, roces que apoyaron los puntos de
