En su primer Ministerio fué Ministro del Interior don José Francisco Vergara y de Guerra y Marina, don Carlos Castellón, quienes desempeñaron durante largo tiempo sus funciones.
En el transcurso de estos años habían ido formándose en diversas localidades las primeras Asambleas del Partido, organismos que constituyeron las primeras celulas orgánicas del nuevo Partido. La primera fué fundada en 1863 en Copiapó por Pedro León Gallo y Manuel Antonio Matta; la segunda, la fundó Abraham Kóenig en Ancud. En 1864 existían ya asambleas en Santiago.
Sin embargo, hasta 1888 estas asambleas eran organismos autónomos, sin un centro común que las coordinara, por cuyo motivo actuaban con independencia, faltando en muchas ocasiones la unidad de acción que corresponde a un Partido.
En 1888 se realizó en Santiago la primera Convención del Partido, de la cual habría de salir la organización de la colectividad y su programa. Se realizó este torneo en el Club Radical de Santiago y se inauguró el día 19 de Noviembre bajo la presidencia de don Manuel Antonio Matta.
El programa del Partido, que es el primero con que ha contado esta colectividad, decía textualmente en sus acápites de caracter general:
- "La Convención Radical declara: Que en la organización vigente de la República, el régimen parlamentario que supone el Gobierno de Gabinete, debe ser estrictamente observado. Declara que el centralismo es un falseamiento del gobierno representativo, que altera el equilibrio de los poderes públicos, daña los intereses locales y debilita la acción social. Declara que el Municipio, la Provincia y la Nación, son tres organismos diferentes de la sociedad y que, en consecuencia, cada uno debe tener un gobierno propio y autónomo ....... Declara que siendo base indispensable de buen gobierno la moralidad política y administrativa, el Partido Radical debe combatir toda extralimitación de los poderes públicos, toda intervención en las elecciones y todo manejo que prive a los actos de los funcionarios de la publicidad o los substraiga a la responsabilidad que corresponda....... En consecuencia, la Convención resuelve que la Constitución y las leyes deben ser reformadas, a fin de dar a la República una organización más conforme con las actuales necesidades
