Veamos ahora cómo y por qué obtuvo Cisneros del Rey Católico el cargo de Gran Inquisidor en los reinos de Castilla, que llevaba en sí un poder terrible, y del que ciertamente no abusó nuestro Prelado.
Suponen algunos historiadores que Cisneros, de acuerdo con Mendoza, aconsejó á la Reina el establecimiento de la Inquisición; pero con sólo fijarse en que, cuando se planteó en Castilla este odioso tribunal, no era Cisneros más que un fraile oscuro y desconocido, se patentiza el error, que el canónigo Llorente por su parte, el autor de la Historia de la Inquisición, demuestra también. Cisneros, fuera de una delegación que recibió del Papa en 1496 para intervenir en un asunto incidental de la Inquisición, en que el Rey Fernando se quejó de que sus fallos perjudicaban al Fisco, asunto que por cierto se ignora la solución que tuvo, no figuró en aquel tribunal hasta que el Soberano Católico regresó de Italia y le trajo el título de Gran Inquisidor.
Los liberales del dia, que juzguen instituciones sociales del siglo XV y XVI con el espíritu del XIX, condenarán á Cisneros en absoluto, porque aceptaba este cargo y no procuró la abolición de aquel odioso tribunal, pero nosotros que así lo llamamos y por tal lo tenemos, nos creemos en el deber de salir de nuestro siglo y considerarnos contemporáneos de aquella edad, á fin de no incurrir en los errores consiguientes de juzgar con las ideas modernas hechos que son producto de las ideas antiguas. La Inquisición era un gran instrumento de gobierno propio de aquellos tiempos, todavía contaminados con la barbarie de la Edad Media, en que los delitos más leves tenían la sanción más dura, con más carácter político que religioso, empleada, es verdad, con motivo ó con pretexto de herejía contra Moros, contra Judíos y hasta contra nobles cristianos, pero de ordinario para conseguir la unidad del Estado y fortificar la enflaquecida autoridad régia, y que cualesquiera que hayan sido las crueldades y las víctimas que hiciera, mucho menores en número de las que supone Llorente, según historiadores nada sospechosos, es imposible olvidar lo que aun después de aquel tiempo ocurría en Francia cuando el implacable Richelieu
