Disgustó al general Santos, director de la política oficialista, la actitud de aquellos legisladores, a tal punto que se vieron eliminados de la cámara, pero el resentimiento no alcanzó al candidato, pues Luis Eduardo Pérez fué llamado por el propio Santos para ocupar el Ministerio de Gobierno en junio de 1886, cargo del que hizo abandono juntamente, con todos sus colegas, menos el general Tajes, el 28 de octubre, por negarse a firmar la ley que restringía la li libertad de imprenta. Electo Presidente Máximo Tajes, fué destinado a la Capitanía general de Puertos el 2 de febrero del 87, pero permaneció allí sólo 23 días.
Senador electo por Florida el mismo año, y ascendido a general de división el 28 de febrero de 1890, en la lucha por la sucesión presidencial del general Tajes, la candidatura de Luis Eduardo Pérez volvió a plantearse, pero esta vez con más visos de éxito que en el 86. Sus amigos políticos, agotando todos los métodos de lucha dentro de la Asamblea electora, convirtieron su nombre en bandera de oposición a la candidatura presidencial del Dr. Julio Herrera y Obes, reuniendo en torno de ella un conglomerado de fracciones coloradas, nacionalistas y constitucionalistas que lo apoyaron con sus votos y con sus órganos de prensa. Los doctores Luis Melián Lafinur, Carlos A. Berro, Juan Zorrilla de San Martín, monseñor Irasusta y otros representantes de estos mismos sectores, votaron en cambio por el Dr. Herrera.
La momentánea coalición se explicaba plenamente, sabiendo que el general Luis E. Pérez, frente al candidato definidamente colorado, había hecho público un programa de gobierno en el cual declaraba “que no se creía el menos indicado para realizar un programa de política nacional”. Fuera de lo que pudiera derivar de esta especie de neutralización de circunstancias, no podía alegarse a favor de la candidatura del general Pérez más condición sustantiva que su probada honradez personal y una independencia de carácter un tanto inédita. Ningún alto predicado político o militar iba añadido a su nombre. Herrera que aparte de su filiación política definida, llevaba a Pérez la enorme ventaja de ser un candidato civilista alzado después de muchos años de indignas prepotencias militares, salió electo Presidente el 1° de marzo de 1890. Un año después, en marzo de 1891, llevaba al Ministerio de Gobierno a su adversario ocasional, a quien tocaría actuar en los sucesos de la Unión en octubre del 91. El 22 de febrero de 1892 fué designado Ministro de Guerra y Marina, permaneciendo en el gabinete durante todo el período de gobierno del Dr. Herrera y Obes. Antes de terminar, éste lo hizo teniente general el 17 de febrero de 1894.
Por tercera vez, en la reñidísima lucha presidencial de marzo de 1894, el general Pérez entró en liza. En ésta ocasión las probabilidades de triunfo habían acrecentado tanto, que apenas le faltaron uno o dos votos para el quorum legal. Sin embargo, después de 21 días de escrutinios,
