do la revolución ganó el poder se le reconoció como capitán de caballería de línea, el 19 de mayo de 1865, y como sargento mayor graduado el 1° de julio, pasando a formar en las fuerzas movilizadas para la guerra del Paraguay. Integrante de la 3ª División de Caballería del general José Gregorio Suárez, tuvo participación en la batalla de Yatay, el 17 de agosto de 1865 y asistió a la rendición de Uruguayana el 18 de setiembre del mismo año, pero no fué más allá de la provincia de Corrientes.
Sargento mayor efectivo el 15 de octubre de 1866, ocupó la Jefatura Política de San José por decreto de 14 de marzo de 1868, mientras estuvo a su cargo — hasta el mes de agosto de 1870 — se le imputaron excesos de vigor contra sus adversarios políticos, los cuales no pudo desvirtuar completamente y hasta la ejecución arbitraria de un prisionero de guerra.
Comandante Militar del mismo departamento durante la guerra civil de 1870-72, y teniente coronel el 13 de enero de 1872, cuando la revolución tuvo fin por el Pacto de Abril, el presidente Gomensoro confióle la Jefatura Política de Durazno en junio del mismo año, tocándole estar en ese cargo en las reñidas elecciones de donde surgió la 11ª legislatura. Graves denuncias se acumularon contra el delegado del Poder Ejecutivo por alguna de las fracciones en lucha, pero el Ministro de Relaciones Exteriores Dr. Julio Herrera y Obes, comisionado especialmente para esclarecer los hechos, pudo comprobar, sobre el terreno, lo infundado de las acusaciones.
El nuevo presidente Ellauri lo confirmó en la Jefatura de Durazno, dando motivo a acerbas críticas de la prensa nacionalista, recordando sus excesos en la Jefatura de San José.
Adherente al régimen de facto instituido como consecuencia del motín del 15 de enero de 1875, y Comandante Militar de Durazno el 15 de julio, obtuvo del gobierno de Pedro Varela el ascenso a coronel, con fecha 14 de octubre de 1875.
Cuando Latorre obligo a Varela a dejar el mando. constituyéndose en dictador de la República, el coronel Luis Eduardo Pérez vino a quedar al margen de la vida política, si bien el Gobernador no lo incomodó.
El presidente Santos lo puso al frente de la Jefatura de Florida, el 15 de marzo de 1883, en cuyo desempeñó se mantuvo hasta el mes de enero de 1886.
De lo más aceptable entre los militares de la época santista, recomendado especialmente por su honradez y su rectitud administrativas, un grupo de legisladores colorados que podrían calificarse con exactitud de “posibilistas”, entre los cuales contaban Juan Idiarte Borda y Antonio María Rodríguez, le dieron sus votos, perdidos desde luego, para Presidente de la República en la elección del 1° de marzo de 1886, que gano el Dr. F. A. Vidal. Ese mismo año, el 9 de febrero, se le había promovido a general de brigada.
