El virrey, desde Buenos Aires, trató de presionar al íntegro sacerdote mediante una seria admonición del obispo Benito, significándole que debía de abstenerse de concurrir reuniones de la Junta y de intervenir en asuntos públicos y ordenándole comparecer personalmente en Buenos Aires por convenir así al servicio de Dios, bajo pena de incurrir "ipso facto" en suspensión para celebrar misa, predicar y confesar, con las demás responsabilidades consiguientes.
El Dr. Pérez Castellano respondió valientemente al oficio del Obispo, con fecha 30 de noviembre de 1808, dándose por suspendido, “pues teniendo el honor de haber sido elegido vocal de la Junta, ni podía dejar de cumplir con la sagrada obligación que le había impuesto la Patria, cuya salud era la suprema ley, ni podía por ahora comparecer personalmente a dar cuenta de su conducta a su señoría ilustrísima”.
En plena sublevación de las provincias contra España, abandonó Montevideo, en momentos en que las primeras partidas patriotas hacían acto de presencia para comenzar el sitio, en octubre del año 12, yéndose a vivir en su chacra del Miguelete, donde llevado por su decidida inclinación se dedicaba a las tareas de la agricultura, “con un amor que sólo tienen los hombres de corazón bien puesto”, según las bellas palabras del Dr. Daniel García Acevedo, primer documentado biógrafo del ilustre sacerdote, cuyo recomendable trabajo, publicado en 1908, constituye la base fundamental de esta noticia extractada.
De su chacra vinieron a sacarlo, a fines de noviembre de 1813, los electores del pueblo de la Concepción de las Minas, al elegirlo diputado a la Asamblea Electoral que debía reunirse en el Cuartel General del Arroyo Seco, por iniciativa combinada de Artigas y Rondeau.
Atormentaron al candidato muchas vacilaciones, pues teníase ligado por el voto de fidelidad a Fernando VII dado en el Cabildo de 1808, pero concluyó aceptando y apenas en posesión del mandato, su carácter y su altivez cívica estuvieron de manifiesto. Una asamblea soberana y deliberante — y así lo expresó de entrada — no podía sesionar en un cuartel “bajo las bayonetas y sables de todo un ejército”. Consecuencia de su objeción fué que el local se cambiase pasando a celebrarse las reuniones a la Capilla de Maciel.
En las deliberaciones del Congreso se opuso a toda exacción tributaría y sacó triunfante un proyecto de gobierno autónomo triunviral, que las divergencias surgidas entre Artigas y Rondeau impidieron llevar a la práctica.
Con su actitud en la histórica asamblea de la Capilla Maciel, el Dr. Pérez Castellano definió claramente su posición ideológica que no se tenía hasta entonces por muy clara, y su adhesión, sin trabas, a la causa de la revolución americana y a la de la Provincia Oriental en su derecho a emanciparse del gobierno de Buenos Aires.
