Esta vez, como en 1875, ofreció a la causa su concurso personal y en calidad de secretario de uno de los jefes revolucionarios, el general José Miguel Arredondo, hallóse en la batalla del Quebracho — en Paysandú — dónde el ejército ciudadano fué totalmente derrotado el 31 de marzo por las fuerzas comandadas por el general Máximo Tajes.
La evolución política subsiguiente a esta derrota, iniciada al constituirse por Santos el Ministerio de la Conciliación, en el mes de noviembre, permitió a Gonzalo Ramírez reintegrarse a la vida publica, y el presidente Tajes lo hizo Ministro ante el gobierno argentino, el 15 de marzo de 1887.
En el termino de su gestión, y con intervención decisiva de Ramírez, se planeó y llevó a cabo el primer Congreso Sudamericano de Derecho Internacional, que, reunido en Montevideo, sesionó desde el 25 de agosto de 1888 hasta febrero de 1889.
Delegado de nuestro país, fué uno de los más destacados miembros de aquella brillante asamblea, que codificó en forma amplia y definitiva los más sabios y justos principios de inter-relación entre los países del continente, reuniéndolos en un cuerpo de leyes que dieron al Congreso de Montevideo una excepcional importancia, asignándole una obra constructiva que siempre será gran ejemplo para los que, como el canciller prusiano, descuentan de antemano la inutilidad de esta clase de reuniones.
Dejó la plenipotencia en abril del mismo año 1889, para reanudar sus clases en la Facultad de Derecho, cuyo claustro integraba como catedrático de Derecho Internacional Privado, y en 1898 acompañó la política die Juan Lindolfo Cuestas, en la lucha contra la mayoría parlamentaría que le negaba sus votos para Presidente de la República.
Abolida la legalidad el 10 de febrero, el gobernante de facto le reservó el número dos entre los miembros del Partido Constitucional que ingresaban en el Consejo de Estado. Pero la presencia de Ramírez en una asamblea desprovista de atribuciones y sin rol efectivo en la política del país, no se podía prolongar mucho tiempo. De este modo, abandonando el Consejo, pasó nuevamente a ocupar la Legación en la Argentina, el 28 de julio de 1898.
Su gestión, beneficiosa para el país, distinguióse en cuanto estuvo dirigida a dar cima a un tratado de arbitraje entre ambos países, pero tuvo que dejar trunca su patriótica obra, dimitiendo el alto cargo en diciembre de 1902, ante los ataques, tan solapados como violentos, de que lo hizo blanco el mismo presidente Cuestas en el diario oficialista “La Nación”, a cuyas columnas descendía. Anteponiendo los intereses del país a su situación personal, Ramírez pareció disimular los primeros embates, pero las cosas hubieron de llegar a extremos insoportables. Respondían los ataques sesgados del Presidente, a vengar en el Ministro
