1857-58, ganó la campaña y mantúvose en contacto con el comandante José Gregorio Suárez, de quien era muy amigo. Restablecida la paz regresó a su establecimiento de campo a esperar la hora de la revancha.
Sospechado por el gobierno de Berro a causa de sus frecuentes viajes a Entre Ríos, fué baja a principios de 1863, y en mayo se contaba entre los jefes de la revolución del general Venancio Flores, principiada el 19 de abril. El 12 de agosto, con una expedición salida de Buenos Aires, tomó por sorpresa el pueblo de Fray Bentos, donde desembarcó los pertrechos bélicos que portaba y un buen plantel de oficiales y plazas de infantería. Todos los oficiales y soldados de la guarnición gubernista hechos prisioneros fueron puestos en libertad inmediatamente, al tiempo que escribía a la Junta de Guerra de Buenos Aires: “Creo que mi conducta al proceder así será apreciada por mis amigos y por todos los hombres de principios, cualquiera sea el proceder de nuestros enemigos.”
El 13 de setiembre la infantería bajo su mando tuvo decisivo papel en el combate de Pedernal, evitando lo que pudo haber sido una gran victoria gubernista.
Sorprendido y rodeado el 20 de marzo del 64 en su estancia de Palomas — a donde había venido enfermo — por una expedición que se envió al objeto de la plaza del Salto, junto con él también cayeron prisioneros su padre, el comandante Francisco Saldaña, que lo acompañaba, y su secretario. El gobierno pareció dar valor a esta doble captura, pues a su aprehensor, el comandante Inocencio Benítez, se le confirió una espada de honor, otorgándosele además un ascenso.
Traído al Salto permaneció encarcelado en la jefatura hasta pocos días antes de que el general Flores atacara la plaza, pues al retirarse el coronel Leandro Gómez lo hizo llevar a Paysandú, junto con el comandante don Francisco, en igual calidad y sometido al mismo trato.
En su cuarto de la Jefatura Política conoció Saldaña todas las incidencias y alternativas del sitio que los colorados floristas pusieron a la ciudad, en unión a esas horas con el contingente auxiliar brasileño que operaba en tierra y en el río, y a su cuarto vinieron a buscarlo, amaneciendo para el 1° de enero de 1865, de parte del general Leandro Gómez, el denodado jefe de la plaza. Quería Gómez confiarle la misión de pasar al campo enemigo a solicitar una suspensión de hostilidades y una capitulación eventual, bajo promesa de que volvería con la respuesta. Saldaña aceptó y atravesando las líneas de fuego con una bandera blanca en la mano, fué en busca del general Flores a comunicarle su mensaje.
No había armisticio, y sólo se aceptaba la rendición incondicional, fué la respuesta. Y con esa contestación negativa, fiel a su palabra, después de haber estado materialmente libre entre los suyos, regresó
