a punto de ser evidente que la guerra civil era inevitable, resolvióse por marchar a Río de Janeiro, donde vivió tan pobre que, según se refiere, tuvo necesidad de lavar su propia ropa.
Requerido por sus correligionarios, regresó clandestinamente a la República, y aprovechando la presencia del general Rivera al sur del Río Negro, después de la victoria de Palmar, se incorporó al ejército titulado Constitucional que encabezaba el caudillo amigo, en setiembre de 1838, para recibir el cargo de secretario general del jefe revolucionario. En este carácter se le halla como miembro de la comisión pacificadora, cuya incumbencia fué poner fin a la lucha, negociando el arreglo del 21 de octubre de 1838. Dimitente Oribe, según las estipulaciones del convenio, Rivera asumió el poder dictatorial el 11 de noviembre, y. con igual fecha confió a Vázquez las secretarías de Gobierno, Hacienda y Relaciones Exteriores, que debía desempeñar hasta el 6 de febrero de 1839.
Envuelta la República en un grave conflicto bélico con el tirano argentino Rosas, nuestro canciller logró obtener una alianza con Francia, cuyos buques bloquearon al enemigo, y otra con la Provincia de Corrientes; y con miras de atraer al Brasil a la órbita política de la República, marchó en carácter de agente confidencial ante la corte de Rio de Janeiro el 25 de junio. No tuvo éxito sin embargo y estaba de regreso al mes siguiente.
Electo senador a fines de 1841, fué elemento de consejo en las peores horas, cuando el general Rivera, derrotado en Arroyo Grande en diciembre del 42, volvió a Montevideo para reorganizar el gobierno ante la invasión del ejército que a las órdenes del general Oribe avanzaba todopoderoso con miras de apoderarse de la capital. Vázquez volvió nuevamente al Ministerio de Gobierno y Relaciones Exteriores, en el gabinete del 3 de febrero de 1843, donde debía permanecer hasta el 6 de abril de 1846, en tres años de lucha extraordinaria. Siempre en actividad, siempre acertado, siempre digno, frente a un cúmulo de atenciones y de exigencias de orden interno e internacional, admiró a todos los que lo rodeaban, inclusive a los ministros extranjeros. Pero esa lucha concluyó también con su existencia, acelerando el proceso de la afección que le minaba el pecho de tiempo atrás y que exigía, sino para curarse, para yugularla un poco siquiera, el reposo y la tranquilidad que la brega diaria negaba al ilustrado estadista. Fué preciso que se alejara del gabinete y en esa circunstancia, ningún sitio más propicio para tentar mejoras en su salud que la costa brasileña con su cálido clima. En ese entendido se le envió en misión a Río de Janeiro, en días en que su vida, que iba consumiéndose lentamente, no le daría tiempo para cumplir. Después del corto paseo habitual por la ciudad y de conversar con sus amigos, recogióse a sus habitaciones el 5 de abril de 1847 y
