segundo período tomó participación en los últimos debates en que se consideró la reforma de los Tratados del 51, sobresaliendo por su elocuencia entre el grupo de diputados opositores.
Cuando triunfó el general Flores por fuerza de las armas, lo designó para integrar el Superior Tribunal de Justicia el 7 de marzo de 1865 y Bustamante aceptó aunque se discutían sus condiciones legales para ocupar el cargo. En 1887, el 8 de marzo, inauguró en la Universidad, con un largo y nutrido discurso, la cátedra de Economía Política que concluía de confiársele,
Confirmado en el Tribunal por el voto de la Asamblea General el 6 de marzo de 1868, en seguida de reorganizarse los poderes constitucionales, el general Lorenzo Batlle le confió la cartera de Hacienda en su primer Ministerio. Renunció el cargo en julio del mismo año 68, siendo sustituido por Daniel Zorrilla. Hizo una renuncia extensa, expresando a Batlle que dimitía para responder a un pedido suyo, toda vez que el presidente parecía hallar en el ministro, atentas las resistencias que levantaba, el mayor obstáculo para la marcha de su gobierno.
Documento desabrido — conforme al natural de su autor — constituye sin embargo un documento de no común valentía.
Rector de la Universidad en agosto de 1869, en las cámaras de 1873 volvió a tener un asiento como diputado por Montevideo, pero esta vez como en tiempo de Batlle, hubo de abandonar el Parlamento sin que terminara su mandato,
Deseando el gobierno de Ellauri negociar un empréstito en Europa, creyó prudente enviar allá comisionados especiales de verdadera representación, y a tal objeto la elección recayó en su propio ministro de Relaciones Exteriores, Dr. Pérez Gomar y en el diputado Pedro Bustamante,
No correspondió el resultado a las esperanzas y en el mes de julio Bustamante estaba otra vez en la Cámara, donde el ambiente era cada día más pesado y donde su presencia parecía exacerbar a los opositores.
El 14 de setiembre de 1874, Ellauri lo nombró ministro de Hacienda en reemplazo de Juan Peñalva. La situación de las finanzas públicas eran desastrosas sobre toda ponderación y ningún ministro hubiera atinado a hacer cosa alguna de provecho. La cuestión de hacienda traía dentro de sí la perdición del gobierno, como tantas veces,
Bustamante permaneció en el ministerio hasta el 14 de enero.de 1875, víspera del motín militar que depuso las autoridades constitucionales. Entró a figurar en la izquierda opositora, pero como simple ciudadano. Sus enemigos no sólo no lo incomodaron desde entonces, sino que lo herían simulando ignorarlo, a punto
