muchacho al expatriarse el general, el 7 de julio de 1859, junto con Venancio, su hermano mayor, inició carrera de armas en los ejércitos de la provincia de Buenos Aires, como soldado distinguido del escuadrón de Guías Orientales. Promovido a alférez de caballería el 20 de julio de 1861, ascendió a teniente 2° el 5 de abril del año siguiente, después de haberse hallado en las jornadas de Cepeda, Cañada de Gómez y Pavón.
Con esta carrera en la Argentina, cuando el general, su padre, revolucionó la República en 1863, encabezando el movimiento denominado Cruzada Libertadora, Fortunato participó en la campaña con grado de capitán. A la hora del triunfo fué incluído en los cuadros del ejército como sargento mayor graduado, el 15 de abril de 1865, y tuvo la efectividad de mayor y el grado de teniente coronel el 12 de junio del mismo año.
En la campaña del Paraguay desempeñóse como buen jefe y mandaba, en la vanguardia, la caballería uruguaya en Estero Bellaco el 2 de mayo de 1868, Sorprendida con los caballos sueltos — malos los caballos y en un terreno infernal — la escasa fuerza se dispersó, pero Fortunato, haciendo honor a sus antecedentes y al valor de nuestros soldados fué a incorporarse al 1er. Regimiento de línea argentino para tomar parte en el combate,
Vuelto a la República se le designó Jefe Político del departamento de Canelones en junio de 1886, donde se conservó hasta enero de 1887, fecha en que fué removido por causa de un desagradable incidente entre sus policías de Las Piedras y unos oficiales norteamericanos. Sustituto del coronel Larragoitía, el 20 del mismo mes, en el comando del Batallón “Libertad”, único cuerpo de línea existente a la fecha en Montevideo, al frente de esa unidad del ejército y en complicidad con su hermano Eduardo, dió el espectáculo escandaloso y único de sublevarse contra su propio padre el 6 de febrero de 1868, con ánimo de presionarlo para que prorrogara sus poderes de dictador, en vez de restablecer conforme tenía dispuesto, el imperio de la ley. Atrincherado en la Plaza Constitución, la cosa pasó sin mayor suceso, no dejando de ser eficaz la intervención del almirante español Lobo, a la sazón en nuestro puerto. Por un fulminante decreto de 8 de febrero, Fortunato y sus oficiales fueron extrañados del país y en término de doce horas debían abandonar el territorio, siendo todos baja del ejército y borrados del escalafón militar.
El sargento mayor Eduardo quedaba radiado de los cuadros.
En Río Janeiro, camino de Europa, le llegó a Fortunato la noticia del asesinato de su padre y entonces resolvió retornar a Montevideo: pero el Ministro de Guerra general José Gregorio Suárez se opuso tenazmente a que se le permitiera desembarcar y ordenó se le detuviera en la Isla Libertad, para de allí ser conducido a un transatlántico que
