vicio hasta el año 31, fecha en que retorna a sus pagos dispuesto a participar en las tareas rurales de su padre. El movimiento lavallejista del 32 lo hizo modificar sus propósitos, pues el coronel Salado, su coterráneo poronguero, lo llamó para que sirviera con él haciéndolo capitán encargado de la mayoría. Sospechoso, como partidario de Rivera, de que pudiese mantener inteligencias con este jefe cuando el año 36 se sublevó contra el gobierno constituído del presidente Oribe, fué preso y traído a Montevideo pero logró fugar, marchando acto contínuo a incorporarse a sus correligionarios, con tiempo para pelear al lado de ellos y triunfar en la batalla del Palmar el 15 de junio de 1838. Vencedora la revolución, Rivera asumió el gobierno de la República a raíz de la renuncia de Oribe, el 25 de octubre del mismo año y en 1839 Flores fué designado jefe político y de policía de San José, cuando había estallado la guerra entre la República y el tirano argentino Rosas. Logró batir en el arroyo de La Virgen una fuerza invasora perteneciente al ejército del general Pascual Echagüe y el 29 de diciembre, siendo entonces coronel graduado, mandó un regimiento en la victoria de Cagancha, formando en la reserva.
La invasión del Ejército Unido de Vanguardia de la Confederación Argentina a las órdenes del general Manuel Oribe a fines de 1842, lo halló en funciones de comandante militar de San José.
Ante la ola enemiga, retrocediendo lento en acción retardataria, quedó formando parte del ejército de operaciones en campaña, mientras la capital se preparaba para afrontar el sitio.
Muy ágil en sus marchas y muy decidido en el ataque, logró el coronel Flores derrotar al general Núñez en Horqueta del Rosario y al comandante Velázquez en el Real de San Carlos y en varios otros choques parciales.
Recién al año y medio de principiado el asedio a la capital entró a Montevideo por el lado del Cerro el 17 de setiembre del 44, burlando la vigilancia enemiga y trayendo consigo una cantidad de ganado del que tanto necesitaba la plaza.
Con fecha 10 de noviembre recibió el nombramiento de comandante general de armas de la capital y de su departamento, puesto que renunció el 24 de diciembre.
A principio del 45, saliendo de la capital por vía fluvial, desembarcó en Colonia con miras de remontar una división en campaña, reuniendo cantidad de dispersos en pequeñas partidas y de refugiados en los montes.
El comandante Piriz lo persiguió en Puntas del Queguay y el comandante Bergara, que le salió al encuentro en Infiernillo lo derrotó, quedando Flores herido de consideración por una lanza que le alcanzó en el antebrazo.
Al sur, entretanto, el general Rivera perdía una gran batalla en el
