campo de India Muerta el 27 de marzo y Flores tuvo que refugiarse en el Brasil siguiendo viaje a Río Grande para asistirse de su herida. Tornó a Montevideo embarcado el 14 de setiembre de 1845, todavía convaleciente. Otra vez comandante general de armas, ocurrió al poco tiempo un choque con el gobierno, el cual, ante la actitud violenta de Flores, tiró un fulminante decreto de fecha 20 de octubre suscripto por Suárez y Rufino Bauzá, declarándolo indigno de llevar insignias de militar de honor y radiándolo de los cuadros del ejército. Pero el 13 de diciembre, después de una crisis ministerial, la resolución quedó sin efecto a título de que era inconstitucional.
Cuando el motín riverista del 1° de abril de 1846 se mantuvo al margen de los sucesos y hasta parece que en esos días se refugió en un barco surto en la bahía,
A órdenes del general Justo José de Urquiza cuando entró a la República en 1851 después del pronunciamiento contra Rosas, tuvo el mando de la división escolta que hostilizó a las fuerzas del general Ignacio Oribe en la marcha hacia el sur,
Después de la Paz de Octubre, en la presidencia de Giró, fué jefe político de Montevideo y reemplazó al general César Díaz, dimitente en el Ministerio de Guerra y Marina el 3 de junio del 52; era una garantía para el Partido Colorado dentro de la tendencia morigerada que se le atribuía. Nada se pudo conseguir en favor del apaciguamiento político perseguido, no obstante haber aceptado Flores la exigencia del Partido Blanco de que la división vencedora en Caseros fuese disuelta.
A los cinco meses, un militar de afiliación blanca, el general José Brito del Pino, entró a sustituírlo en el ministerio,
La situación era tan inestable que sólo por milagro parecía mantenerse e hizo crisis el 18 de julio de 1853, con motivo de un choque sangriento ocurrido en la plaza Matriz entre milicianos y soldados de línea durante un desfile militar, Giró, ante la gravedad de las cosas quiso recurrir al coronel Flores trayéndolo nuevamente al ministerio; pero ya era tarde. En el Triunvirato de gobierno que se instituyó en una reunión de ciudadanos el 25 de setiembre, Flores ocupó el tercer puesto después de los generales Lavalleja y Rivera, y muertos éstos, el primero el 22 de octubre y el segundo el 13 de enero del 54, quedó convertido en miembro único del gobierno provisorio, en desempeño de cuyas funciones pacificó el país en una breve campaña en que fué batido el general Lucas Moreno y demás partidarios alzados en favor de Giró.
En esas circunstancias, la Asamblea General lo eligió presidente constitucional de la República el 12 de marzo de 1854 y el 15 de julio otorgóle el grado de brigadier general. El mandato de Flores, complementario del de Giró, debía concluir el 19 de marzo de 1856, pero su mala
