Oribe y de su subsiguiente alejamiento del país, pero tal situación llegó a hacerse insostenible.
Cuando Oribe, triunfante en Arroyo Grande sobre el ejército nacional, invadió la República en 1842, García abandono Montevideo donde se le tenía por peligroso elemento desafecto al gobierno, refugiándose en el buque de guerra portugués Juan I, con el auxilio que le prestó, lo mismo que a otros correligionarios suyos, el cónsul portugués Leite. El barco lo condujo a Buenos Aires y desde allí, revalidado su mandato de diputado por voluntad de Oribe — no obstante hallarse vencido el término desde mucho tiempo atrás — se le encuentra integrando la titulada Asamblea del Cerrito, a cuyas deliberaciones asistía en los primeros tiempos, viniendo al país desde la capital argentina cuando era necesario sesionar.
Mas tarde concluyo por pasar a domiciliarse en Toledo, Carrasco, en las proximidades del campo sitiador de Oribe, donde era propietario de grandes extensiones de tierras trabajadas por emigrantes gallegos y canarios, algunos introducidos por cuenta suya.
Como la mayoría de los hombres cercanos al general sitiador que no hacían carrera de la política y encaraban el terrible problema de la Guerra Grande con criterio nacional — Rosas y sus ambiciones puestos aparte —, Doroteo García concluyo por distanciarse de Oribe, tildado de tibio y de salvaje unitario, como el Dr. Eduardo Acevedo, y hasta le fué necesario aprestarse a la defensa personal, cuando impugno la ley de confiscaciones articulada por el Dr. Villademoros en julio de 1845.
Después de la Paz de Octubre del 51 resulto electo para la representación nacional, como diputado por el departamento de Montevideo. En 1854, vacante la Tesorería General de la Nación, el presidente Flores lo nombro para desempeñar ese importante destino por decreto de 12 de junio, pero García hizo renuncia del puesto y el gobierno se la aceptó “respetando los motivos en que estaba fundada”.
El 4 de marzo de 1856, el presidente Pereira lo llamo a su lado, apenas ascendido al gobierno, para confiarle el Ministerio de Hacienda, logrando que García lo aceptara aunque fuése con carácter de por ahora. Señaló su paso en el Gabinete por la medida heroica del 26 de marzo, reduciendo a la mitad el pago de los servidores del Estado, no habiendo fondos para hacerlo completo, y por una serie de decretos y disposiciones donde se procura con tino y espíritu práctico, poner orden en los servicios y proveer a la mejor percepción y destino de las recaudaciones, exigiendo cuentas exactas y rápidas a las oficinas. Asimismo logro varios favorables acuerdos parciales sobre deudas y reclamaciones de súbditos de Francia y de Inglaterra.
