Estaba al frente de las milicias de San José cuando la proclamación del Imperio vino de improviso a plantear las hostilidades entre los imperiales y los soldados portugueses de Álvaro Da Costa que guarnecían Montevideo; y en esas circunstancias, Lecor tuvo a Zúñiga — que junto con él había abandonado secretamente la capital — en calidad de su confidente consejero.
Síndico General de la Provincia Cisplatina en 1822, se le reconocieron sus servicios militares desde el le reconocerían los que prestó en 1823-24 y en 1825-28. Comandante de todas las s de la Provincia Cisplatina el 12 de enero de 1823, se le confirmó en la comandancia por decreto superior de 11 de diciembre del 25, y habiéndose ganado la confianza del general Carlos Federico Lecor, jefe de las nuevas autoridades, disfrutó a la sombra de éste de una considerable influencia.
El 11 de mayo de 1825, por decreto expedido en Río Janeiro, el emperador le había dado la efectividad de brigadier y tres años después, el 12 de octubre de 1828 fué ennoblecido por Pedro I con el título de Barón de Calera.
En funciones de Síndico Procurador alcanzó a ser Encargado del Gobierno de la Provincia Cisplatina cuando el Barón de la Laguna — por orden del emperador — fué a reemplazar a Barbacena en la jefatura del ejército del Brasil el 4 de octubre de 1827.
Terminada de hecho la dominación brasileña por el tratado de paz del año 28, aunque no estaba establecido el nuevo régimen, García de Zúñiga se distinguió todavía por sus abusos ejerciendo verdadera coacción sobre el Consulado de Comercio de Montevideo, para despojarlo de fondos que le eran propios, en manifiesta violación de las leyes. No obstante la fundada protesta y enérgica defensa del prior Juan M. Pérez, consiguió apoderarse del dinero de las cajas consulares.
Exacciones semejantes a ésta y de las cuales era factor el Barón de la Laguna, siendo el Síndico un mero instrumento suyo, no habían pasado desapercibidas sin embargo a los funcionarios imperiales de tal categoría como José Bonifacio, el Patriarca de la Independencia brasileña, el cual, en una carta (publicada en los Anales de la Biblioteca de Río de Janeiro. XIV - 1° - 15), se expresa así: “Bien quise yo, cuando estuve en el Ministerio, evitar todo motivo de descontento de los cisplatinos y aprovechar el odio que tenían a los de Buenos Aires; pero era necesario sacar de allá al ladrón y despótico Laguna, haciendo gozar al país de los beneficios de la libertad constitucional. Se me escapó el ladrón de hacerlo venir rápido, prevenido por la traición del general Marques y del Síndico García de Zúñiga”.
Fué, puede decirse, el último hombre representativo que mantuvo su adhesión al Imperio, optando por
