Con afiliación al Partido Colorado, participó en los movimientos cívicos de 1897-98, secundando la marcha del vicepresidente de la República Juan Lindolfo Cuestas y éste, luego de consumar el golpe de Estado del 10 de febrero de 1898, le asignó el número cinco en la lista de su partido al constituir el Consejo de Estado, que iba a ser algo así como el cuerpo legislativo de la dictadura que se implantaba en el país.
Hombre de principios, no pudo escapar sin embargo el Dr. Guillot a las terribles sugestiones del ambiente que exigía la paz, en primer término y luego a la oscura falacia de que se combatía contra una “legalidad convencional”.
Llegó a convencerse, muy pronto, de que mismo la sombra de una legalidad convencional es preferible siempre al predominio personal de quien quiera que sea y que la paz negociada de todas maneras y a toda costa, era acaso un pretexto para ocultar particulares miras ambiciosas, mientras llevaba dentro de sí el germen de una nueva guerra civil que luego habría de estallar, terrible, a los pocos años.
Diputado por Maldonado para la 20ª legislatura al restaurarse el régimen legal en 1899, fué reelecto por Montevideo para la 21ª el año 1902 y nuevamente en 1905.
En todo el periodo de su mandato legislativo demostró Guillot una acendrada labor en sala y en las comisiones, participando en la preparación y discusión de importantes leyes, animado siempre por un espíritu amplio, laicista integral en materia de enseñanza y marcadamente liberal en cuestiones religiosas.
Profesor en el alto sentido del término, ilustró sus enseñanzas con lecciones de calidad tan positiva que sirvieron de base para los cuatro tomos de su obra “Comentarios al Código Civil”, trabajo de aliento y categoría desconocidos todavía en nuestro medio jurídico y de consulta obligada aún hoy.
Al inaugurar su presidencia el Dr. Claudio Williman el 19 de marzo de 1907, llevó 2 Guillot a ocupar la cartera del Interior — la antigua cartera de Gobierno — que le ese momento pasaba a denominarse así y se mantuvo en el desempeño de ese cargo hasta que, creada la Alta Corte de Justicia, con fecha 5 de Agosto de 1908, pasó a ejercer las elevadas funciones de Fiscal de Corte y Procurador Fiscal del Estado.
Atento al más cumplido desempeño de su nuevo cometido, el Dr. Guillot no dejó de mano sin embargo los estudios facultativos que tanto lo atraían, avanzando en sus comentarios en la medida que lo permitía su salud resentida en los últimos tiempos.
Agravados sus males, falleció prematuramente el 1° de marzo de 1912.
