Senador por el departamento de Soriano en la 1ª legislatura y Presidente del Senado en febrero de 1834, por ausencia del titular de la Presidencia, general Fructuoso Rivera, que había sido autorizado por el cuerpo legislativo para mandar en persona el ejercito nacional a fin de combatir la insurrección lavallejista, entró a ejercer el Poder Ejecutivo el 6 de marzo de 1834. Como el período presidencial de Rivera terminaba el 24 de octubre del 34, el conquistador de Misiones, que en esos días se encontraba en la frontera del Brasil acampado en la costa del Yaguarón, se traslado a Montevideo para deponer su autoridad en manos de Anaya, que debía seguir ejerciendo el Poder Ejecutivo hasta que la nueva legislatura a reunirse en febrero del 35, procediese a elegir el segundo Presidente de la República.
En 1837, con motivo de salir a campaña el presidente Oribe, en operaciones contra el general Rivera que había alzado bandera de rebelión, Anaya tornó a interinar la presidencia desde el 24 de febrero del 37 hasta el 19 de febrero del 38 en que el titular estuvo de nuevo en la capital. Resuelto que Anaya marchase como Ministro Plenipotenciario a Río Janeiro, se solicitó la correspondiente venia, pero los sucesos políticos no permitieron ni siquiera la firma del respectivo decreto.
Pertenecen al gobierno de Anaya las leyes que crearon los departamentos de Salto y Tacuarembó, segregados del antiguo departamento de Paysandú, la fundación de la Villa del Cerro, etc.
Totalmente adicto al presidente Oribe, cuando éste hizo renuncia de la presidencia en octubre de 1838, ausentándose para Buenos Aires, Anaya se creyó en el caso de asumir igual actitud enviando su renuncia al Senado alegando motivos de salud y abandonando el país.
Hallándose en Buenos Aires, cuando en 1841 se maquinaba el ataque y toma de Montevideo, conforme a un plan ideado por el coronel Antonio Díaz, entraba en el proyecto que Anaya asumiese la presidencia provisoria. El general Oribe, que daba su beneplácito a la candidatura, vendría a retomar las riendas del mando una vez que concluyera su cometido de general de Rosas en las provincias argentinas.
El proyecto de apoderarse de Montevideo no pasó de tal y Anaya regresó al país únicamente cuando Oribe vino a sitiar la capital en febrero de 1843.
Al resucitar éste la representación nacional reuniendo en su campo del Cerrito los miembros de la Asamblea de 1838 que le eran adictos, Anaya — dando como no válida su anterior renuncia de senador — reasumió funciones de Presidente del Senado. y con retención de ese cargo se le nombró miembro del Tribunal de Justicia en 1845.
Determinado Oribe a salir a campana en operaciones militares, dispuso encargar y encargó del gobierno — como en épocas de normalidad —
