invasíon de Echagüe y el 25 de abril de 1840 se le designó ayudante de la Capitanía del Puerto.
Hombre que gozaba de la personal simpatía de Rivera, el cual, bordeando alguna ley, le hizo jefe político de Montevideo el 8 de noviembre de 1840, tuvo participación amplia y constante en momentos tan graves para la patria como los que corrieron entre los años de la guerra contra el tirano argentino Rosas y sus lugartenientes.
Conforme al decreto de 5 de enero de 1841, se le encargó de todo lo relativo a la organización de las cuatro compañías que venían de crearse reclutadas entre los abastecedores y carretilleros de la ciudad y al cambiarse la estructura de tales cuerpos, transformados algunos en la “Legión de Policía” — el 18 de marzo de 1842 — Antuña fué su jefe, promovido a coronel en la misma fecha, visto ser acreedor a la confianza del Gobierno y “a su capacidad y fidelidad”.
Sin embargo, siendo inminente el arribo a las puertas de Montevideo del ejército de Oribe que venía a ponerle sitio, cesó el coronel Antuña en el puesto de Jefe Político sustituido por Andrés Lamas, debiendo salir a campaña a hacerse cargo de una división que se organizaba en Santa Lucía. Así las cosas, una noche el coronel Antuña, abandonando la ciudad, fué a buscar refugio en un buque de guerra sardo. Se había descubierto — a lo que parece — su intervención sospechosa en maniobras tendientes a favorecer al enemigo, fomentando y encubriendo la deserción de los esclavos manumisos por la ley de diciembre del 42, que se aplicaban al servicio de las armas de la República. Ocultados en la misma ciudad, los negros se extraían luego clandestinamente o eran embarcados a ocultas en los barcos de bandera brasileña surtos en el puerto. La irresolución del Ministro de Gobierno, Antonino Vidal, favorecía — a entender de César Díaz — “la traición entonces descubierta y después oficialmente calificada del Jefe de Policía a quien se había encomendado el cumplimiento de la ley”. Andrés Lamas, por su parte, dice “que tenía inteligencias con el enemigo y preparaba una capitulación”.
La “calificacion oficial” aludida es la que se hizo por medió del decreto de 8 de febrero de 1843, suscrito por Suárez y Melchor Pacheco y Obes, en que acusándolo de haber “desertado cobardemente de las filas del ejército”, se le da de baja en los cuadros, empleándose duros calificativos. Este decreto debía transcribirse en la Orden General por término de ocho días consecutivos y así se hizo, mientras se repetía en “El Nacional”.
El suceso provocó animados comentarios que debemos imaginarnos. Un periódico, “El Patriota Francés”, se felicitaba de que Antuña hubiese elegido para su refugio un buque que no era de bandera francesa, pues en uno de esta nacionalidad su presencia habría despertado desagradables sentimientos.
