En la administración de Pereira volvió a la misma jefatura el 10 de setiembre del 56 y fué nombrado jefe militar del Norte del Río Negro el 30 de noviembre de 1857, en momentos en que estaba próximo el alzamiento de los colorados conservadores. Vencida la revolución fué ascendido a coronel de línea el 7 de febrero de 1858. Su rol en esa contienda se redujo a entender en el litoral de Salto y Paysandú, con todo lo relativo a las divisiones auxiliares entrerrianas, enviadas por el general Urquiza para robustecer las fuerzas del gobierno de Pereira, cuyas divisiones vadearon el Uruguay con tal objeto, en un extraño caso de intervención solicitada.
Jefe de la Guardia Nacional de Salto en setiembre de 1858, al dividirse la República en tres zonas militares en diciembre de 1859, se reservó a Lamas la jefatura de la 3ª, que comprendía todo el norte del Río Negro.
Posible candidato para suceder a Pereira al concluir éste su período de gobierno, una coalición de caudillos de campaña dió el triunfo a Bernardo P. Berro, el cual una vez electo le confió la cartera de Guerra y Marina el 14 de marzo de 1860. El 3 de junio de 1861 el Presidente lo obligó a dejar el Ministerio, cuando, en un mal momento, se deshizo de todos sus secretarios de Estado. El 17 de julio siguiente, tal vez para darle una satisfacción que merecía, Berro lo ascendió a coronel mayor.
Cuando en 1863 se produjo la revolución colorada que acaudilló el general Venancio Flores, las fuerzas de Lamas y las del invasor chocaron en Las Cañas, en el departamento del Salto, el 25 de julio. El jefe gubernista sufrió un serio contraste, teniendo que llegar al Salto pasando por territorio argentino. El gobierno no se avino sin embargo a confesar la derrota y para levantar el espíritu de los suyos concedió un escenso a los vencidos, promoviendo a Lamas a brigadier general el 19 de agosto de 1863, “por la heroica retirada de Vera”.
Jefe del Estado Mayor del Ejército de Operaciones en campaña el 12 de noviembre de 1863, pasó a ser Jefe de Vanguardia del general Servando Gómez en enero de 1864, permaneciendo en este cargo hasta que el presidente Aguirre lo nombró su Ministro de Guerra y Marina el 1° de marzo de 1864.
La revolución colorada iba en progreso y cada día eran más grandes las dificultades del gobierno y menos eficiente la acción de los jefes de su ejército.
La caída de la plaza de la Florida, sumada a la anarquía reinante en el Partido Blanco, colmó el descontento. Lamas, que nada podía remediar, abandonó el Ministerio el 29 de julio, quedando en Montevideo sin otro destino que el de miembro del Tribunal Militar, hasta que el 15 de enero de 1865 le fué conferido el mando del 2° ejército defensor de la capital y a los
