se le halla entre los directores del movimiento y a la muerte violenta de aquel magistrado el 23 de agosto de 1897, convirtióse en partidario entusiasta de la continuación en el gobierno de Juan L. Cuestas, presidente del Senado en ejercicio del Poder Ejecutivo. Trabajó en esa tesitura, para que una Convención partidaria proclamara presidente a Cuestas y lo empujó, en todo momento, para llevarlo al terreno del golpe de Estado del 98.
Fué el orador oficial en la ruidosa manifestación del 28 de noviembre, y es suya la conocida frase pronunciada en los balcones de la casa del candidato, anciano y hempléjico, incitándolo a convertirse en gobernante de facto: “Vd. será Presidente con la Asamblea, sin la Asamblea y contra la Asamblea”.
El vice-presidente, dispuesto ya a correr la aventura dictatorial, llevó al tribuno al Ministerio de Hacienda en sustitución del Dr. Juan Campisteguy, el 7 de enero de 1898 y en ese carácter la firma del Dr. José Román Mendoza aparece al pie del decreto de 10 de febrero del 98, por el cual se derrocaba una legislatura por la única razón de negarse a votar al propio Juan Lindolfo Cuestas para Presidente de la República. — (Ver Cuestas, Juan L.).
Erigido Cuestas en dictador, poco duró la armonía entre ambos personajes, por cuya razón, adivinando el porvenir, Mendoza creyó prudente abandonar la cartera ministerial el 7 de diciembre de 1898, con la certeza de que sería llevado a la Cámara de Senadores, como sucedió, pues fué electo por el departamento de Canelones.
Una vez en desacuerdo Cuestas y Mendoza, no tardó mucho en que el espíritu caviloso del primero diera en sospechar de las intenciones de su antiguo amigo, a punto de que el 17 de julio de 1902, no obstante las inmunidades parlamentarias que lo amparaban, desterró a Mendoza conjuntamente con su colega el también senador Rufino T. Domínguez, por considerarlos, de acuerdo con los datos que el gobierno poseía, “complicados en la conspiración que se anunciaba y que debía estallar de un momento a otro”.
Amnistiado por “motu-propio” del Presidente, reintegróse al Senado y figuró entre los partidarios de la candidatura presidencial del doctor Juan Carlos Blanco para el período 1903 - 1907, lucha al fin de la cual triunfó José Batlle y Ordoñez.
Hondamente distanciado con este político, todo su primer gobierno lo pasó Mendoza bajo la sospecha de que conspiraba y algunas veces sometido a evidente vigilancia policial.
Mendoza, por su parte, no reparaba en criticar al gobierno, pues tanto como entretenidísimo y fino “causeur”, era intencionado y mordaz en el comentario.
Hombre de vasta ilustración y profundos conocimientos, la sencillez de su exterior, que llegaba al desaliño, lo sustraía un tanto a los ojos del gran público.
