Moreno retornó al departamento de Colonia, donde, por orden del presidente Pereira, hizo fusilar el comandante Mesa. (Véase Juan Mesa).
Bernardo P. Berro lo hizo jefe de la Tercera Sección Militar de la República el 8 de marzo de 1860, y poco después le confió la Jefatura Política de Colonia, de la cual pasó a ser comandante en jefe al Norte del Río Negro el 19 de febrero de 1861, cargo en el cual, el 15 de mayo del mismo año, fué sustituído por el coronel Diego Lamas.
Cuando el caudillo colorado Venancio Flores trajo la revolución al país, en abril del 63, el gobierno puso a órdenes de Moreno las divisiones de Montevideo y Canelones por resolución de 7 de junio, pero apenas corrido un mes, el 1° de julio, diósele el mando del Ejército del Sur en reemplazo del general Anacleto Medina, impedido por su salud. Pero como Medina no estaba enfermo en realidad y todo lo que ocurría debíase a las desconfianzas y cavilaciones del presidente Berro, Moreno se vió en la precisión de renunciar e puesto a los cuatro días.
Ascendido a coronel mayor el 24 de agosto del 63, las fuerzas a su mando tuvieron contacto con los revolucionarios el 16 de setiembre en el pueblo de Las Piedras, casi a la vista de Montevideo, produciéndose el caso de que, por una especie de sugestión colectiva, el gobierno creyó que se había librado una gran batalla en la que Flores había salido derrotado y en fuga y que, gracias a este triunfo, estaba concluida la revolución. Tratábase sin embargo nada más que de un pequeño entrevero, en que los muertos de uno y otro bando no llegaron a una docena.
El 26 de octubre pasó a funciones de jefe de vanguardia del ejército de la capital, y luego de llevar a cabo una expedición fluvial al Uruguay, donde capturó los restos de un contingente revolucionario venido de la Argentina, el presidente del Senado en ejercicio del Poder Ejecutivo, Atanasio Aguirre, le confió, por decreto de 9 de marzo de 1864, el mando en jefe de los ejércitos del gobierno que hasta ese momento comandaba el general Servando Gómez, A la hora en que la revuelta florista había tomado un poderoso incremento, se ponía sobre los hombros del general Moreno, avejentado y semi-impedido por la obesidad, una carga excesiva. El Ministro de Guerra coronel Pantaleón Pérez, acompañó al nombramiento una nota resumiendo las necesidades del momento y las esperanzas que el Poder Ejecutivo fundaba en el nuevo jefe, pero ninguna parte del programa se pudo cumplir. Flores se apoderó de varios pueblos, contando la importante plaza de Florida, cuyos principales jefes fusiló indignamente.
Moreno creyóse en el caso de dimitir su cargo el 15 de agosto, y la jefatura del ejército volvió a manos de Servando Gómez, virtualmente inútil por los excesos alcohólicos.
