El presidente Herrera y Obes, por decreto de 4 de setiembre de 1893, le con la jefatura de las fuerzas de la frontera de Cerro Largo, y en sus últimos días de gobierno, el 17 de febrero de 189, lo hizo general de brigada.
Con este comandó el ejército gubernista que triunfó en Arbolito contra los revolucionarios que acaudillaba Aparicio Saravia, el 19 de marzo, y después de varios combates secundarios, en Aceguá, el 8 de julio.
El 19 de marzo de 1903, en la presidencia de Batlle y Ordóñez, fué designado Comandante General al Sur del Río Negro.
Cuando el nuevo y poderoso alzamiento en armas de los nacionalistas el 1° de enero de 1904, el general Muniz fué nombrado de inmediato General en Jefe del Ejército del Sur y promovido a general de división el 10 de febrero.
En los largos meses que estuvo al frente de los ejércitos, — pues mandó asimismo el del Norte, — confirmó sus condiciones indiscutibles de hombre de guerra en una larga y enconada serie de combates donde fué el jefe, teles como Mansavillagra, Illescas, Paso del Parque del Daimán y Parque de los Carros de Olimar.
Terminada la revolución a poco del deceso de Aparicio Saravia, mortalmente herido en la batalla de Masoller el 1° de setiembre, y devuelta la paz a la República, que entraba nuevamente a la verdadera órbita constitucional, el general Muniz, modesto en la gloria de esta gran conquista, “tornó a la existencia laboriosa, a vivir de sus recuerdos y de sus sueños", pero sus cometidos de soldado no habían terminado todavía.
El 27 de febrero de 1907 se hizo cargo del puesto de Comandante Militar de la Zona Este, y con motivo de un brote revolucionario sin, duración, desempeñó funciones de Comandante Militar de Cerro Largo desde el 18 de enero al 22 de febrero de 1910.
Por última vez, y también momentáneamente, volvió a la actividad a fines del mismo año y con fecha 16 de diciembre de 1912 obtuvo los despachos de teniente general, la más alta categoría en el ejército, mientras seguía en el desempeñó de la jefatura de la Zona Militar N° 2, nueva denominación que había tomado la Zona Este.
Dos años más tarde, el 5 de diciembre de 1914, mientras iba a dirigir unas faenas en su estancia, falleció repentinamente. Hacia un momento que había quedado solo, y se le encontró acostado en el suelo, muerto al lado del caballo, cuyas riendas todavía conservaba en la mano.
Fue el general Muniz hombre de regular estatura, fornido y de pescuezo corto; barbudo, el pelo abundante parecía achicarle la frente. Blanco de tez y con ojos azules, estaba incluido en el tipo que entre nosotros se llama rubio.
