tucional, volvió otra vez al Ministerio de Hacienda en febrero de 1839, para continuar en él hasta que lo sustituyó Alejandro Chucarro, el 5 de agosto del mismo año,
Llegados en 1843, a raíz de la derrota de Arroyo Grande, los tremendos días en que hubo que preparar la resistencia contra la invasión del Ejército Unido de Vanguardia de la Confederación Argentina, entró a constituir el gabinete el 3 de febrero, compartiendo con Santiago Vázquez y Melchor Pacheco y Obes, la tarea casi insuperable de la defensa de la capital.
Pacheco y Obes, biógrafo de Muñoz, califica a su colega de alma incontradicha del gabinete, a quien se debían las principales medidas militares que alejaron el peligro, “El Ministro de la Guerra nada hizo en esta época que no fuese inspirado por Muñoz. En todos los detalles del servicio donde se necesitó una actividad extrahumana, para crear todo, para vigilar todo, el Ministro de la Guerra (era el propio Pacheco y Obes que lo escribía) encontró a su lado, siempre, al Ministro de Hacienda y gracias a su inteligente cooperación, a sus consejos y a su dirección esclarecida, pudo cumplir su difícil misión”.
Un testimonio tan franco y espontáneo, en boca de un hombre de bien, releva por sí solo de cualquier otra prueba,
La permanencia de Muñoz en el Ministerio sólo duró cinco meses, puesto que el 8 de julio entraba a sustituirlo José de Béjar. Pero su ausencia no fué muy larga, porque el 27 de noviembre del año siguiente reingresó en el gabinete, esta vez en calidad de Ministro de la Guerra, donde permaneció hasta el 8 de abril del 46, periodo poco prolongado, pero en cuyo término reorganizó de un modo brillante y completo todos los servicios militares no sólo de la plaza sitiada, sino que varias ciudades y pueblos de los departamentos fueron puestos en condiciones de defenderse y resistir.
En 1847 sirvió por unos cuantos meses — enero - julio — la misma secretaría de Estado y, en tiempo que no formaba parte del Ministerio tuvo funciones de Colector General de Aduana, miembro de la Asamblea de Notables y del Consejo de Estado, sin que jamás, ni por nada, su devoción patriótica se debilitase.
Elemento de conciliación, secundando eficazmente la política equilibrada de Joaquín Suárez en las graves crisis internas que dividieron a los hombres de la Defensa, atravesó aquellas épocas penosas y difíciles sin despertar ni envidias ni odios, sacrificando, sin vacilar, a las necesidades de lucha, toda su considerable fortuna. La suerte, ingrata con el esforzado campeón de la causa nacional, no le permitió llegar a la hora del triunfo. Apenas pudo ver las señales de que pronto iba a salir el sol, cuando falleció en Montevideo el 10 de junio de 1851.
