Ese mismo año fué soldado en la "Revolución Tricolor, entre las fuerzas del coronel Angel Muniz, y luego de vencido el movimiento legalista trasladóse a la República Argentina, para radicar en Corrientes.
Mezclado en la política de la provincia, fué sucesivamente comisario de policía, agente electoral y “hombre” de los caciques dominantes, y en ese terreno parece que, ni su actuación se caracterizó por lo correcta, ni Núñez, por otra parte, fué persona de esquivar comisiones escabrosas.
Vencido en un ataque sorpresivo gue intentó llevar a la ciudad de Corrientes en julio de 1895, durante una revolución “reparadora” local, se le tomó preso y estuvo encarcelado por algún tiempo.
Sus vínculos con el Dr. Duvimioso Terra, que desde 1894 lo tenía de candidato para emplearlo en una proyectada revolución nacionalista en nuestro país, le valieron, en 1896, ante los hombres políticos del partido, que venían preparando los planes de un movimiento armado contra el gobierno de Idiarte Borda.
El comité revolucionario de Buenos Aires aceptó sus servicios recibiéndolo — si se da crédito a sus íoismas palabras — “como el hombre que hacía falta”, y Núñez fué destinado a comandar la expedición que invadiría por Conchillas, departamento de Colonia, a la cual debía reunirse el mayor Diego Lamas, oficial uruguayo formado en el ejército argentino, en calidad de Jefe de Estado Mayor del ejército nacionalista.
En el momento de desembarcar en el país, Núñez no llegó a Conchillas en el día prefijado, pero después de recibir la incorporación de Lamas, que había invadido, siguieron hacia el interior en procura de las fuerzas de Aparicio Saravia, que tenía cruzado la frontera de Cerro Largo procedente del Brasil y debía ser el jefe del movimiento.
Desde los primeros días parece que no hubo franco entendimiento entre ambos jefes y Núñez se halló desorientado en cuanto a su verdadera categoría militar en el ejército revolucionario, pues Diego Lamas — según dice Luis Alberto de Herrera — tuvo la habilidad de no exhibir jamás su mando superior de manera innecesaria.
En el trayecto de la marcha tuvo lugar la sangrienta batalla de Tres Arboles, cuando el general gubernista José Villar se propuso interferir el avance de los revolucionarios en aquel afluente del Río Negro y fué rechazado con pérdidas considerables. Este resonante triunfo entonó grandemente la fibra de la revolución.
En la Orden General del Ejército dada en Salsipuedes al día siguiente de la batalla, Diego Lamas, que firma como Jefe de Estado Mayor, cita complacido a los jefes divisionarios J. J. Díaz Olivera, J. F. González, Cicerón Marin y Ramón Batista y muy especialmente “al señor coronel José Núñez, quien al frente de su denodada infantería fué el primero en acudir al fuego, constituyendo el factor principal de la victoria”.
