El 26 de octubre del propio año, aceptada la renuncia del titular Jacinto Figueroa, se le nombrá Ministro Secretario de Estado, relevándolo de las funciones de Encargado y desempeñó el puesto hasta el 4 de marzo de 1830, día en que vino a sustituirlo Gabriel A. Pereira.
Rivera, en la primera presidencia, le confió la cartera de Gobierno y Relaciones Exteriores el 20 de diciembre de 1833, por el mismo decreto en que lo encargaba “ad interim” de la de Hacienda y el Dr. Obes mantuvo aquel destino por el resto de su período constitucional, continuando en el cargo durante el subsiguiente interinato de Anaya (1834 - 35), Su pasaje por la cancillería revistió caracteres excepcionales, pues con su proyecto de 1834, dirigido a reunir un congreso panamericano con sede en Montevideo — aunque no realizado por causas circunstanciales y complejas — hizo aparecer a la más joven República del continente dando normas a la política internacional de América.
“Político experto y diplomático consumado, sostuvo alta la dignidad y los derechos soberanos de la Nación en todas las contingencias y cuestiones internacionales”, y en sus notas únese al cuerpo de doctrina la forma literaria que las reviste.
En el ramo de Gobierno — con las amplias facultades que entonces le competían por la ley — la acción progresista de Lucas Obes no desmereció en nada de la gestión del diplomático. Suya es la iniciativa de delinear la ciudad nueva de Montevideo; suyas la fundación de la villa que llamó Cosmópolis y es actualmente la Villa del Cerro, destinada a ser una gran zona industrial, y la enagenación de los baldíos del ejido, con el criterio de que el Estado no negocia ni busca ganancias, vigilando a la vez que las tierras no cayeran en manos de agiotistas.
Fomentó la agricultura, las vías de comunicación y la instrucción pública, extendiéndola expresamente a les niños de color, y aparece adelantado un siglo a iniciativas que son de ahora, como la que creaba las bibliotecas ambulantes.
Alejado del Ministerio, como sus adversarios políticos, empeñados en difamarlo, persistían en la inútil tarea de arrojar sombras sobre su gestión gubernativa, no quiso aceptar el acuerdo legislativo que lo declaraba exento de todo cargo, reclamando en vez una amplia investigación y un prolijo examen de las cuentas del Estado.
El gobierno del general Manuel Oribe, sucesor inmediato de Rivera, uso en 1836 su extrañamiento del país, sospechándolo cómplice del movimiento revolucionario que el general Rivera había desatado sobre la República y obedeciendo aquella orden ausentóse para Río de Janeiro. Eran infundados sin embargo los temores del Poder Ejecutivo, pues el Dr. Obes no. estaba conforme con la actitud belicosa asumida a corazón ligero por el ex-presidente, Pero no quiso tampoco hacer pública su desaprobación, en momentos en que tal disidencia de opiniones en uno de
