nisterial de Pérez extendióse hasta el 21 de octubre del año 36 en que la cartera fué transferida a Francisco Joaquín Muñoz, pues su salud afectada de una dolencia a la vista, que con los años concluiría en ceguera, lo imposibilitaba para las tareas del cargo.
Hizo una gestión laboriosa y honrada en momentos de tremendas dificultades financieras. Procuró el equilibrio presupuestal y la contabilización correcta de la Deuda Pública y confió a Juan Francisco Giró la misión, sin éxito, de negociar en Europa el primer empréstito de la República.
En los momentos más álgidos de la revuelta armada del general Fructuoso Rivera, en 1838, formo parte en representación del gobierno de Oribe, de la comisión que tuvo a su cargo buscar un avenimiento honroso que pusiese termino a la guerra que arruinaba la nación, pero manteniéndose al margen de cualquiera de los bandos.
Paralelamente a su actuación en la política y en los negocios públicos, Juan María Pérez, cuya fortuna varias veces millonaria era una de las más grandes del país, propugnó con entusiasmo y con realizaciones efectivas en empresas de colonización, habiendo organizado la venida de emigrantes isleños de las Canarias, cuyo primer contingente arribó el año 1837. Introducidos en vasta escala, pasaron a roturar las tierras fértiles, vírgenes aún, que rodeaban a Montevideo. Prosperaron así centenares de familias.
Explotó además ramos de estancia, tuvo 17 establecimientos saladeros y fué asimismo dueño de una flotilla para comerciar con ultramar.
Ciego ya a principios del año 40, el formidable vendabal de la Guerra Grande, tres años después, lo tomó viviendo en la capital y aunque a su invalidez unía este considerado ciudadano la prescindencia en las luchas de la hora, sus antiguas vinculaciones con el bando oribista, el encono de las pasiones y las intransigencias fatales de la lucha, lo pusieron en el caso de buscar tranquilidad pasando con autorización gubernativa al campo sitiador, donde fijó residencia en su molino del Buceo.
Radicado en nuevo campo, Pérez no modificó en nada sus honestas convicciones ciudadanas ni pudo torcer su criterio la adversidad llegada tan a destiempo. Al contrario, improbando como no reparó en hacerlo, ciertos excesos del general Oribe, como la ley de confiscaciones, se acarreó la animosidad de su antiguo amigo y en esa situación espiritual y política, su muerte, a consecuencias de un ataque, el 17 de noviembre de 1845, a los pocos meses de haberse ausentado de la capital, pudo haber sido precipitada — según De María — por disgustos derivados de estos choques políticos.
